Preklad Sj do AJ: Shaperons

[miloso]

Mám na vás prosbu, či by niekto kto ovláda angličtinu na vyššej úrovni a preložil mi text:

Kód: Vybrať všetko

Shaperons

Sú to špeciálne „nadradené“ bielkoviny (špecifické pre každú bielkovinu), ktoré majú za úlohu aj posttranslačne umožniť (uľahčiť, dopomôcť, stabilizovať) poskladanie do konečnej funkčnej konformácie bielkoviny. Keď som sa na cviklách opýtal, či môžu modifikovať proteín aj proti energetickému spádu, do energeticky nevýhodnej a nestabilnej ale funkčnej (pričom energ. stabilný tvar môže byť inaktívny), bolo mi povedané, že v podstate áno, je to možné .

Moje otázky by boli:
1.či naozaj šaperóny môžu takto energeticky nevýhodne skladať proteíny, ale pričom je zachovaná funkčnosť proteínu
2.ak áno, či to Rosetta berie na vedomie
3.otázka navyše, či Rosetta berie na vedomie možné disulfidové väzby v proteínoch, a či ich zahrňuje vo výpočtoch.

Nájde sa nejaká dobrá duša čo by mi pomohla? Moja angličtina to nedokáže preložiť tak, aby tomu rozumeli ľudia okolo Rosetty.

[gabberattack]

Som v nyc teraz, ale az sa vratim, tak Ti to prelozi, blbo sa mi pise na iphone. Inak na prvu otazku viem hned aj odpoved - ano, je to mozne a dokonca velmi bezne. To, ci Rosetta berie danu vec do uvahy uz ale neviem, ale predpokladam, ze ano. Ved uvidis, co Ti napisu.

[tahanko]

origo sa volaju Chaperones. len sa to tak po slovensky cita "šaperony"

[miloso]

po slovensky je to Garder-dámy kde na tie názvy chodia

Na rosette sú nejake novinky http://boinc.bakerlab.org/forum_thread.php?id=4730, okrem iného:

Kód: Vybrať všetko

We are also optimizing the energy function and are finding some curious things about the area of conformational space directly surrounding the native structure. We're currently crunching a massive amount of sampling to get very finegrained. In some cases Rosetta's lowest energy structure deviates a little from the true structure and we're investigating if this is due to xtal packing. If so then maybe rosetta is actually giving a more representative answer of what the protein looks like in solution then suggested by the crystal.

Akosi mi to nedáva zmysel, hlavne tá posledná veta. "Možno v súčastnosti dáva rosetta viac reprezentatívne odpovede na to ako vyzerá proteín v roztoku než... teraz: navrhnuté (odporučané) kryštálom (v kryštalickej forme)? Veď rosetta predpovedá rozpustené proteíny, nesedí mi tam ten kryštál, stále neviem čo tým chcel povedať...

Máš u mňa pivo, gabb

[gabberattack]

Ok, tu mas preklad, predpokladam, ze to postnes na fore projektu, ze?

Chaperones

Chaperones are special “superior” proteins (specific for each particular protein) enabling (facilitating, stabilizing) post-translating folding of the protein into the final functional conformation. When I was questioning my biology professor if these chaperones can modify the protein against the energy gradient, into an energy disadvantageous and unstable, but functional structure (when energy stable conformation can be inactive), he said yes, that is possible.

I have some questions and I would be happy if someone could answer them:
1.Can chaperones really change the proteins into the one with energy disadvantageous structure while keeping the protein functional?
2.If yes, is Rosetta taking them into account for the simulations?
3.Is Rosetta taking into account disulphide bonding in proteins and are these bonds calculated in the computation?

Takisto myslim, ze mam aj odpoved na otazku ohladne tych krystalov:
Xtal packing je program na predpovedanie struktury proteinov. Pouziva sa na to, aby sa z krystalickych foriem predpovedali rozpustne formy. Pokial sa dobre pamatam na info z molekularky, struktura proteinu sa zistuje energetickou difrakciou krystalickeho proteinu. Ten je vo vacsine pripadov iny, ako rozpustna forma a preto Rosetta dostava odlisne vysledky - podla mna program berie do uvahy naviazane molekuly vody, ako aj interakcie s proteinmi, pripadne vnutorne vazby. Nemalo by to teda byt nic prekvapujuce. Mozno sa ale mylim, spytaj sa na fore, hadam to upresni dotycny vedec.

[miloso]

vďaka šlo to na fórum, lebo rosetta je celkom komunikatívna

Na fóre sa to už riešilo http://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum ... true#58845 a ak som dobre pochopil tak štruktúra proteínou sa získava x-ray spektrografiou alebo NMR (mag. rezonanciou). Kedže sa kryštalická forma asi získa z roztoku odstránenim vody, tak kryštalická bielkovina bude mať tvar podobný rozpustenej, síce vymizli vodné interakcie (alebo určitá časť vody ostane naviazaná ako u CuSO4.5H2O) ale tvar sa prakticky neznenil (túto vetu som len sám dedukoval a ničím nepodložil) Preto sa x-ray technika považovala za najpresnejšiu metódu určenia štruktúry (ale LEN v kryštalickej forme a nie v roztoku a k nemu sa chcela rosetta aspoň priblížiť, lebo x-ray je drahá technika). Ale vyzerá to tak, že sa ľady pohli a začali vznikať nové objavy a začneme určovať presné tvary proteínov v roztoku

Ale Feet1st namieta že sú 3 možné riešenia.
1) je to pravda a rosetta fakt dáva prelomové štruktúry
2) spektrálne analýzy boli chybné
3) aj iné projekty môžu byť lepšie ako rosetta

a jeho návrhy:
1) chemicky rozobrať molekuly do detailov atómov a overiť to
2) znovu preskenovať kryštalické proteíny x-ray a NMR a porovnať

Rosetta sa mi začína pozdávať... ma to aj zaujalo, možno napíšem krátky článoček

[gabberattack]

Je to tak ako pises a fakticky hovorime o tej istej veci - difrakcia = lom energie pri prechode latkou, v tomto pripade sa pouzivaju rtg luce. NMRS je velmi draha a casovo narocna zalezitost, co som o nej pocul, tak vela centier ju nerobi, no je presnejsia, kedze berie do uvahy latku v tekutom stave. Som zvedavy na odpovede na Tvoje otazky, tiez by som rad vedel co vsetko Rosetta berie do uvahy - to vsak vie asi len sef projektu.

[Kiwi]

http://en.wikipedia.org/wiki/Rosetta@home
Tu je toho dost, len keby clovek mohol citat. Presne o tom, co tu rozoberate.

[miloso]

lenže ty si to napísal tak, že som tomu veľmi nerozumel a nevysvetli si mi to prečo je to "very curious" ale aspoň si ma naučil nový termin technikus ... nevedel som, že rosetta sa snaží priblížiť ku kryštalickej forme a len "teraz" sa jej podorili lepšie predpovede a dostali sa prakticky z pevnej látky do rozpustenej formy

Kiwi: nech ti zdravíčko súži a samozrejme, že som čerpal aj z tej stránky