Aktualne aplikacie

Výskum a vývoj nových algoritmov a metód pre predpovedanie proteínových štruktúr z proteínových reťazcov

Moderátor: Moderátori

Užívateľov profilový obrázok
matob
Príspevky: 932
Dátum registrácie: Pi Dec 14, 2007 12:16 am
Bydlisko: Dudince & Banská Bystrica
Kontaktovať užívateľa:

Re: Aktualne aplikacie

Príspevokod užívateľa matob » Po Apr 20, 2009 8:54 pm

Akurát som zapol rosettu a s úžasom som zistil že perfektne zmákli checkpointy. Progress mi spadol max. o 0,2% po suspend/resume
=D> =D> =D>
Obrázok

Užívateľov profilový obrázok
mbs
Príspevky: 142
Dátum registrácie: Po Jún 23, 2008 11:15 am
Bydlisko: Dolný Ohaj
Kontaktovať užívateľa:

Re: Aktualne aplikacie

Príspevokod užívateľa mbs » Po Apr 20, 2009 9:46 pm

Checkpointy mozno, ale co mi povies na toto?
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/resul ... =244227833
Run time prefs: 24 hodin, makal vyse 28 hodin a hovno z toho... :-(

Užívateľov profilový obrázok
gabberattack
Príspevky: 1275
Dátum registrácie: Ut Feb 06, 2007 2:35 am
Bydlisko: Mooresville, NC
Kontaktovať užívateľa:

Re: Aktualne aplikacie

Príspevokod užívateľa gabberattack » Po Apr 20, 2009 10:00 pm

mbs napísal:Checkpointy mozno, ale co mi povies na toto?
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/resul ... =244227833
Run time prefs: 24 hodin, makal vyse 28 hodin a hovno z toho... :-(


Na rychlych masinach nema vyznam mat viac ako 6 hodin.
-gabberattack-
Keep The Panic!

...a Windows Vista
padá na Mesiaci
6x pomalšie!

Užívateľov profilový obrázok
mbs
Príspevky: 142
Dátum registrácie: Po Jún 23, 2008 11:15 am
Bydlisko: Dolný Ohaj
Kontaktovať užívateľa:

Re: Aktualne aplikacie

Príspevokod užívateľa mbs » Po Apr 20, 2009 10:18 pm

OK, vdaka, zmenil som si na 6 hodin.
Kazdopadne, merany ADSL a setrenie na prenose...

BTW, uz davnejsie sa Ta chcem spytat: preco je Tvoj Mac s T5600 pomalsi nez moj?!?
Ja mam nejakych 1966 float a 7234 integer, Ty mas 1889 float a 4531 integer...
V The Lattice Project:
Tvoj: http://boinc.umiacs.umd.edu//show_host_ ... stid=28448
Moj: http://boinc.umiacs.umd.edu//show_host_ ... stid=30112
Jediny rozdiel co vidim je v pamati (ja 1GB, Ty 2GB).

Užívateľov profilový obrázok
gabberattack
Príspevky: 1275
Dátum registrácie: Ut Feb 06, 2007 2:35 am
Bydlisko: Mooresville, NC
Kontaktovať užívateľa:

Re: Aktualne aplikacie

Príspevokod užívateľa gabberattack » Ut Apr 21, 2009 3:39 am

Neviem cim to je, ale mozno tym, ze mi na nom bezi kvantum veci a vacsinu dna je vytazeny naplno. Mam dva uplne totozne iMacy z jednej serie a davaju mi ine benchmarky (Moj domaci, kde je ta kopa veci a remote machine, ktora ma len zakladnu instalaciu a limitovany acces, aby pouzivatel nemohol menit nastavenie). Ta remote masina je takmer totozna s Tvojou (benchmarkovo), takze je dost mozne, ze moja teoria by mohla byt spravna.
-gabberattack-
Keep The Panic!

...a Windows Vista
padá na Mesiaci
6x pomalšie!

Užívateľov profilový obrázok
mbs
Príspevky: 142
Dátum registrácie: Po Jún 23, 2008 11:15 am
Bydlisko: Dolný Ohaj
Kontaktovať užívateľa:

Re: Aktualne aplikacie

Príspevokod užívateľa mbs » Ut Apr 21, 2009 10:01 am

Ked to takto napises, tak je to jasne a logicke - bude to tym vytazenim.
Ked nie som doma, tak mi bezi len BOINC, nic insie, tak aj tie benchmarky su potom lepsie.
Takze dik, zas mozme pokojnejsie spavat. ;-)

Užívateľov profilový obrázok
Duro Kotulic Bunta
Príspevky: 1862
Dátum registrácie: St Feb 07, 2007 4:00 pm
Bydlisko: Stupava
Kontaktovať užívateľa:

Re: Aktualne aplikacie

Príspevokod užívateľa Duro Kotulic Bunta » St Mar 10, 2010 6:41 pm

Ahojte, po dlhsom case som sa pozrel na projekt, a prekvapilo ma, ze ma viacero aplikacii. Bohuzial som ale (v ramci mojho vymedzeneho casu) nenasiel na ich stranke ziadne konkretne alebo prehladne info o tom, co presnejsie jednotlive aplikacie rataju. Dokonca som ani nenasiel moznost v nastaveniach projektu si zvolit ktore z nich chcem ratat.
Viete mi niekto k tomu dat nejake strucne info, alebo este lepsie nejaky link na prehladny popis? (len pokial mozno nie nejaky roztahany thread vo fore, na to bohuzial nemam teraz cas studovat..).

Myslim, ze je skoda, ze nemaju na webe prehladne user-friendly info, ak som to nenasiel za pat minut tak to je alebo niekde zahrabane alebo mozno nie je vobec...
It is by logic that we prove, but by intuition that we discover. [J.H. Poincaré, mathematician]
A man who knows how to be alone is never lonely. [Osho]

Užívateľov profilový obrázok
gabberattack
Príspevky: 1275
Dátum registrácie: Ut Feb 06, 2007 2:35 am
Bydlisko: Mooresville, NC
Kontaktovať užívateľa:

Re: Aktualne aplikacie

Príspevokod užívateľa gabberattack » St Mar 10, 2010 8:18 pm

Rosetta vs. Rosetta mini
Odpoved je velmi jednoducha. Rosetta pred casom rozhodla, ze nove vedecke aplikacie sa budu vyvijat ako novy kod namiesto neustalej upravy stareho kodu (ktory ma uz niekolko rokov) a tak vznikla Rosetta Mini. Bolo to hlavne z praktickeho hladiska, aby sa nemuseli novi vedci ucit komplexity povodneho kodu Rosetty. Preto teraz je vypocet novych proteinov rieseny cez Rosetta mini zatialco klasicke vypocty su cez Rosettu. Ich beta verzie su len testovacimi verziami pred updatom aplikacie. Neda sa nastavit ktoru aplikaciu pouzit.
Rosetta with new score
Vylepsenie Rosetty mini, ktora uz pocas vypoctu zistuje ci je dany vypoctovy retazec realny a ci ma vypocet pokracovat tymto smerom, alebo nie. Tato verzia je este dost chybova a ludia hlasia zamrzanie vypoctu, ci vysoku chybovost.

Co sa tyka preferencii, neda sa vybrat ktoru aplikaciu pouzivat, takze podla vsetkeho bude stale treba mat nacachovane vsetky tri verzie a podla toho aka jednotka pride sa bude vyuzivat jedna z danych troch aplikacii.
-gabberattack-
Keep The Panic!

...a Windows Vista
padá na Mesiaci
6x pomalšie!

Užívateľov profilový obrázok
Kiwi
Príspevky: 2056
Dátum registrácie: Ut Feb 13, 2007 5:18 pm
Bydlisko: Sobrance
Kontaktovať užívateľa:

Re: Aktualne aplikacie

Príspevokod užívateľa Kiwi » St Mar 10, 2010 9:47 pm

Aky je vztah Rosetty a WCG, co sa tyka konjukcie resp. disjunkcie mnozin oblasti, ktorym sa venuju ?
Podstata objavu spočíva vo videní niečoho, čo videli všetci a v premýšľaní o niečom, na čo nikto nepomyslel.
Tachyum Rado Danilák Rottenkiwi

Užívateľov profilový obrázok
Duro Kotulic Bunta
Príspevky: 1862
Dátum registrácie: St Feb 07, 2007 4:00 pm
Bydlisko: Stupava
Kontaktovať užívateľa:

Re: Aktualne aplikacie

Príspevokod užívateľa Duro Kotulic Bunta » Št Mar 11, 2010 12:50 pm

Diky Gabber, fajn info..
Chapem to teda spravne ze tie minirosetta aplikacie su vlastne testovacie a jedna sa skor o technicke riesenie?

Kiwi, k prekryvu - Rosetta pocita najnizsiu energiu stavov proteinov, cim ziska 3D strukturu proteinu, ktora by mala byt najrealistickejsia.
Z WCG som si podrobne skumal len rakovinove projekty (tie ma zaujimaju), a napr. konkretne k Help Conquer Cancer sa snazi zautomatizovat/zefektivnit experimentalne ziskavanie 3D struktur proteinov pomocou roentgenu (vola sa to krystalografia).
Cize vlastne HCC robi nieco podobne ako Rosetta (ziskavanie 3D struktury proteinov), akurat Rosetta to robi pomocou simulacie molekuly (pricom sa snazi okrem samotnej struktury aj vylepsit pouzivany algoritmus), zatialco HCC ide na vec proste priamo experimentalne - mam molekulu, dam ju do stroja, a zistim jej strukturu.
Takze sa tieto projekty krasne doplnaju.

Iniak este by som chcel dodat, ze Rosettu (ako projekt ktory pocita 3D strukturu proteinov a vylepsuje software na tento ucel), a WCG (resp. jej rakovinove subprojekty HCC a HFCC), krasne doplna projekt QMC - ten sice nerobi priamy biologicky vyskum, ale pomaha vylepsovat extremne dolezity nastroj pre biologov, a sice kvantovu metodu pocitania interakcie atomov a molekul.
Pocitacovy biolog totiz okrem samotnej 3D strujktury molekul (vystup z Rosetty a HCC) potrebuje nastroj/software/algoritmus, ktory bude pocitat co sa s touto 3D strukturou bude diat. A tam ma vlastne dve zakladne sady metod - jedna je priblizna, aproximacna, ktora dokaze ratat s istou presnostou velke sady atomov (desiatky tisic), ale nie uplne vystihuje realitu a teda obcas nemusi davat realisticke vysledky. A druha sada je kvantova, s vynikajucou presnostou, pretoze vychadza zo zakladov prirody, kvantovych javov, ale vdaka vypoctovej narocnsoti dokaze vyratat len par stoviek atomov.
Teda my sme napr. pouzivali na simulaciu celych proteinov algoritmy podobne ako v Rosette ci HFCC, ale ked sme pomocou nich identifikvoali nejaku podozrivu cast molekuly, ktora mala velky a vyznamny vplyv na dalsi osud interakcie, pouzili sme kvantovy metodu na vybranych par stoviek atomov.
QMC sa snazi zlepsit tieto metody, to znamena najma moznost pouzit ich na vacsie systemy, co je pre biologa ako voda na pusti...

Takze z pohladu vedca idealna kombinacia bioprojektov je:
QMC ako kvantovy najrealistickejsi zaklad, ktory ide priamo k jadru problemu
Rosetta ako aproximacna priblizna metoda (a zaroven pocitacove zistovanie 3D struktury proteinov)
WCG biopodprojekty ako konkretna aplikacia (ci uz rosetty, alebo inych metod) na konkretny vyskum liekov

samozrejme ani dalsie bioprojekty (GPU grid atd) nie su neuzitocne, ale pri nich mi trocha chyba solidnejsi ci renomovanejsi vedecky team/background (co ale nemusi znamenat ze tie projekty nie su kvalitne - je to dane aj tym, ze moj cas na studovanie pozadia projektov je limitovany, a teda som sa sustredil na tie (nie bezdovodne) najpopularnejsie, a projektov u ktorych neviem presne a do detailu co sa rata, sa nezucastnujem...

Preto sa vlastne aj pytam na Rosettu, lebo info co mam je dva roky stare (co staci na to, ze viem ze projekt je kvalitny a mam doveru v kroky jeho autorov), ale chcem vediet aktualne info o projekte, a k tym aplikaciam som na ich webe nic rozumne nenasiel.
It is by logic that we prove, but by intuition that we discover. [J.H. Poincaré, mathematician]
A man who knows how to be alone is never lonely. [Osho]

Užívateľov profilový obrázok
Kiwi
Príspevky: 2056
Dátum registrácie: Ut Feb 13, 2007 5:18 pm
Bydlisko: Sobrance
Kontaktovať užívateľa:

Re: Aktualne aplikacie

Príspevokod užívateľa Kiwi » Št Mar 11, 2010 2:52 pm

No aky je potom vztah Rosetty a FAH ? Preco FAH ide na PS3, GPU, CPU uni/multi ale Rosetta len na CPU ?
GPU Grid sa venuje neurotransmiterom a ich respektivnym receptorom, preto ma zaujima a tiez je na GPU,
a GPU vyuziva na taketo ucely watty energie efektivnejsie ako CPU.
Podstata objavu spočíva vo videní niečoho, čo videli všetci a v premýšľaní o niečom, na čo nikto nepomyslel.
Tachyum Rado Danilák Rottenkiwi

Užívateľov profilový obrázok
Palo M.
Príspevky: 1190
Dátum registrácie: Po Feb 12, 2007 3:53 am
Bydlisko: Shanghai, China

Re: Aktualne aplikacie

Príspevokod užívateľa Palo M. » Št Mar 11, 2010 3:45 pm

Duro Kotulic Bunta napísal:Iniak este by som chcel dodat, ze Rosettu (ako projekt ktory pocita 3D strukturu proteinov a vylepsuje software na tento ucel), a WCG (resp. jej rakovinove subprojekty HCC a HFCC), krasne doplna projekt QMC - ten sice nerobi priamy biologicky vyskum, ale pomaha vylepsovat extremne dolezity nastroj pre biologov, a sice kvantovu metodu pocitania interakcie atomov a molekul.
Chlapi, nechcem vyryvat, ale toto je perfektna tema na clanok... ako sa vzajomne jednotlive projekty doplnaju a teda sa paralelne postupuje "na viacerych frontoch"... skratka ako tie mensie kamienky zapadaju do velkej mozaiky. Pre mna je biologia dost spanielska dedina, v jednotlivych projektoch su len ciastkove veci a to este hardcore, takze to mam problemy vobec precitat a kedze nemam ten background, tak mne samemu to do nicoho nezapada... Taky popularne-vedecky clanok o biologickych projektoch este aj tak nemame (tie co su na nasom webe o Rosette patria podla mna skor do toho hardcore).
Ja viem Duro, pisal si ze nemas teraz cas... ale ved to az tak neponahla :-)

Užívateľov profilový obrázok
Kiwi
Príspevky: 2056
Dátum registrácie: Ut Feb 13, 2007 5:18 pm
Bydlisko: Sobrance
Kontaktovať užívateľa:

Re: Aktualne aplikacie

Príspevokod užívateľa Kiwi » Št Mar 11, 2010 4:02 pm

Byt dobrym lekarom aj z humanneho aj z vedeckeho hladiska je naozaj narocne na backround, od kvantovky,
az po biologiu. A na kvalitny clanok, treba poriadnu zasobu informacii. A ked su tie informacie len vo forme
prednasok na youtube, treba na to aj mnozstvo casu. Myslim take 2 roky su potrebne, aby clovek nenapisal
same hluposti. Ked Boh da, clanok bude, ale kazdy organizmus ma iste obmedzenia v prijimani informacii,
ktore su maximalne redundatne a z nich vybrat lapidarne veci, da naozaj zabrat. Ved clovek, ktory vam prednasa,
napr. 20 rokov sa venuje jednej jeho specifickej oblasti a v par hodinach vam musi podat to, co on studoval 20 rokov.
Ten spodok pyramidy sa buduje najdlhsie, ale vrchol, aj viac vrcholov potom moze nasledovat vo velmi kratkom
casovom intervale, vid. napr. Einstein.
Podstata objavu spočíva vo videní niečoho, čo videli všetci a v premýšľaní o niečom, na čo nikto nepomyslel.
Tachyum Rado Danilák Rottenkiwi

Užívateľov profilový obrázok
Duro Kotulic Bunta
Príspevky: 1862
Dátum registrácie: St Feb 07, 2007 4:00 pm
Bydlisko: Stupava
Kontaktovať užívateľa:

Re: Aktualne aplikacie

Príspevokod užívateľa Duro Kotulic Bunta » Št Mar 11, 2010 6:53 pm

Palo M. napísal:Chlapi, nechcem vyryvat, ale toto je perfektna tema na clanok... ako sa vzajomne jednotlive projekty doplnaju a teda sa paralelne postupuje "na viacerych frontoch"... skratka ako tie mensie kamienky zapadaju do velkej mozaiky. Pre mna je biologia dost spanielska dedina, v jednotlivych projektoch su len ciastkove veci a to este hardcore, takze to mam problemy vobec precitat a kedze nemam ten background, tak mne samemu to do nicoho nezapada... Taky popularne-vedecky clanok o biologickych projektoch este aj tak nemame (tie co su na nasom webe o Rosette patria podla mna skor do toho hardcore).
Ja viem Duro, pisal si ze nemas teraz cas... ale ved to az tak neponahla :-)


Ano, ked si pozries clanok/draft, ktory som zacal na nasom webe pisat pred par tyzdnami tak presne smeroval okrem vseobecneho pozadia vyskumu rakoviny (a pribuznych cize genetickych chorob) k tomu, aby sa porovnali niektore bio projekty, presne ten pristup "viacerych frontov" a vzajomnej mozaiky.
Dopisem ho niekedy v buducnosti, minuly mesiac som to uz pred mojim deadlineom nestihol, teda ak som sa nechcel energeticky zlikvidovat... :)

Kiwi, doktor kvantovku velmi nemusi ovladat - ta sa pouziva len v computational biologii, ktoru nerobia lekari, ale fyzici alebo chemici (alebo IT biologovia). Lekarovi je to zbytocne, lekar zakladny vyskum liekov nerobi.
Od kvantovky k lieku je este velmi dlha cesta..
It is by logic that we prove, but by intuition that we discover. [J.H. Poincaré, mathematician]
A man who knows how to be alone is never lonely. [Osho]

Užívateľov profilový obrázok
Kiwi
Príspevky: 2056
Dátum registrácie: Ut Feb 13, 2007 5:18 pm
Bydlisko: Sobrance
Kontaktovať užívateľa:

Re: Aktualne aplikacie

Príspevokod užívateľa Kiwi » Št Mar 11, 2010 7:28 pm

Myslim, ze to co dnes vie lekar, by mal ovladat kazdy, hlavne ten, co chce vychovavat decko.
A to co vie dnes par ludi o kvantovke, to by mal vediet kazdy lekar.
Podstata objavu spočíva vo videní niečoho, čo videli všetci a v premýšľaní o niečom, na čo nikto nepomyslel.
Tachyum Rado Danilák Rottenkiwi


Návrat na "Rosetta@home (RALPH@home)"

Kto je prítomný

Užívatelia prezerajúci toto fórum: Žiadny pripojení užívatelia a 2 neregistrovaní