Aktualne aplikacie

Výskum a vývoj nových algoritmov a metód pre predpovedanie proteínových štruktúr z proteínových reťazcov

Moderátor: Moderátori

Užívateľov profilový obrázok
Hefto99
Príspevky: 745
Dátum registrácie: Ut Feb 06, 2007 12:59 am
Bydlisko: Zürich, Schweiz

Aktualne aplikacie

Príspevokod užívateľa Hefto99 » St Nov 21, 2007 5:48 am

Rosetta ma novu aplikaciu 5.85

novinky zahrnaju (volny preklad):
- diagnostiku pre rozdielny typ symetrie ('D2')
- opravu pre modelovanie velkych symetrickych komplexov + mensie naroky na pamat
- novy format vystupu ktory moze byt uzitocny pre navrh novych proteinov
- zopar vacsich vylepseni pre predpovedanie struktury RNA

v originaly tu Rosetta Application Version Release Log

[edit] Pripadne problemy s novou aplikaciou mozete reportovat tu. [/edit]
Keď nevieš kde si, nemôžeš zablúdiť.
Obrázok

Užívateľov profilový obrázok
Hefto99
Príspevky: 745
Dátum registrácie: Ut Feb 06, 2007 12:59 am
Bydlisko: Zürich, Schweiz

Príspevokod užívateľa Hefto99 » Št Nov 29, 2007 5:34 am

Bola vydana nova aplikacia pre Linux.

Jedna sa iba o synchronizaciu kodu s aplikaciami pre Windows a Mac. Linux ma teraz verziu 5.86 a ta je kodovo totozna s Win a mac verziami 5.85
Keď nevieš kde si, nemôžeš zablúdiť.
Obrázok

Užívateľov profilový obrázok
marpes
Príspevky: 455
Dátum registrácie: Po Feb 05, 2007 8:18 pm
Bydlisko: Bratislava
Kontaktovať užívateľa:

Príspevokod užívateľa marpes » Št Dec 06, 2007 11:57 pm

Je na tom nieco pravdy, ze posledne aplikacie vyzaduju 800 MB RAM/WU?

Užívateľov profilový obrázok
gabberattack
Príspevky: 1275
Dátum registrácie: Ut Feb 06, 2007 2:35 am
Bydlisko: Mooresville, NC
Kontaktovať užívateľa:

Príspevokod užívateľa gabberattack » Pi Dec 07, 2007 5:54 am

marpes napísal:Je na tom nieco pravdy, ze posledne aplikacie vyzaduju 800 MB RAM/WU?


Zatial som nedostal updatnutu verziu Rosetty - akonahle zacne pocitat, dam vediet.
-gabberattack-
Keep The Panic!

...a Windows Vista
padá na Mesiaci
6x pomalšie!

Užívateľov profilový obrázok
forest
Príspevky: 294
Dátum registrácie: Pi Feb 09, 2007 8:49 am
Kontaktovať užívateľa:

Príspevokod užívateľa forest » Pi Dec 07, 2007 6:38 am

marpes napísal:Je na tom nieco pravdy, ze posledne aplikacie vyzaduju 800 MB RAM/WU?

Šlo jen o pár jednotek, nemusíš mít strach. Není to o aplikaci, ale podle požadavků každé série WU.

Užívateľov profilový obrázok
gabberattack
Príspevky: 1275
Dátum registrácie: Ut Feb 06, 2007 2:35 am
Bydlisko: Mooresville, NC
Kontaktovať užívateľa:

Re: Aktualne aplikacie

Príspevokod užívateľa gabberattack » St Jan 09, 2008 4:54 am

Bola uvolnena Rosetta verzia 5.93, ktora riesi "dihedralnu symetriu proteinov". Prelozene pre smrtelnikov: je vylepseny vypocet uhlov medzi dvoma rovinami v molekule - teda priestorovy uhol. Ako pisu na webe Rosetty, je to dolezite pre aplikaciu homooligomerov: bielkovin s rovnakou stavbou a casto aj strukturou, ktore sa odlisuju prave v priestorovom usporiadani atomov.
-gabberattack-
Keep The Panic!

...a Windows Vista
padá na Mesiaci
6x pomalšie!

Užívateľov profilový obrázok
gabberattack
Príspevky: 1275
Dátum registrácie: Ut Feb 06, 2007 2:35 am
Bydlisko: Mooresville, NC
Kontaktovať užívateľa:

Re: Aktualne aplikacie

Príspevokod užívateľa gabberattack » St Feb 06, 2008 7:25 pm

Bola uvolnena nova aplikacia - tkzv. "minirosetta". Sucasna aplikacia bola uplne prerobena tak, aby ulahcila buduci vyvoj. Jednotky budu postupne uvolnovane pre tuto novu aplikaciu, ktora zatial nema grafiku. Prechod na novu aplikaciu bol nutny z hladiska potiazi vyvoja novych protokolov, ktore boli stazovane uz velmi nafuknutym zdojovym kodom a s tym spojenymi problemami vychytavania chyb.
-gabberattack-
Keep The Panic!

...a Windows Vista
padá na Mesiaci
6x pomalšie!

Užívateľov profilový obrázok
gabberattack
Príspevky: 1275
Dátum registrácie: Ut Feb 06, 2007 2:35 am
Bydlisko: Mooresville, NC
Kontaktovať užívateľa:

Re: Aktualne aplikacie

Príspevokod užívateľa gabberattack » Št Mar 20, 2008 5:47 pm

Opat bola uvolnena nova aplikacia, tentoraz pre obe dostupne verzie softwaru - Rosetta 5.95 a miniRosetta 1.09. Su v nich opat zahrnute rozne updaty a upgrady.
-gabberattack-
Keep The Panic!

...a Windows Vista
padá na Mesiaci
6x pomalšie!

Honza
Príspevky: 953
Dátum registrácie: Po Feb 05, 2007 8:20 pm
Bydlisko: Praha

Re: Aktualne aplikacie

Príspevokod užívateľa Honza » St Okt 29, 2008 1:51 pm

Rosetta má novější miniRosettu a přidané nějaké features. Možná by stálo za to aktualizovat návod na GUI...?

The minirosetta application has been updated to version 1.39. In this version, we added two important applications to minirosetta, docking and protein folding with explicit zinc metal ion. New features have been added to the graphic to show chain colors for a multi-chain protein complex and display metal ions by sphere.

Užívateľov profilový obrázok
Hefto99
Príspevky: 745
Dátum registrácie: Ut Feb 06, 2007 12:59 am
Bydlisko: Zürich, Schweiz

Re: Aktualne aplikacie

Príspevokod užívateľa Hefto99 » Pi Dec 05, 2008 6:20 am

Vcera bola uvolnena nova aplikacia, Minirosetta v1.45

V novej aplikacii by mali byt odstranene viacere problemy: napr. prilis dlhe casy spracovania tzv "relax uloh, problemy s validaciou, problemy s checkpointami, atd... mal by byt odstraneny aj problem s prepinanim medzi aplikaciami, kedy minirosetta veselo ficala dalej

Pripadne problemy a postrehy mozete reportovat v projektovom fore.
Keď nevieš kde si, nemôžeš zablúdiť.
Obrázok

Užívateľov profilový obrázok
Hefto99
Príspevky: 745
Dátum registrácie: Ut Feb 06, 2007 12:59 am
Bydlisko: Zürich, Schweiz

Re: Aktualne aplikacie

Príspevokod užívateľa Hefto99 » Ut Dec 16, 2008 3:58 am

Vcera bola uvolnena nova aplikacia Minirosetta v1.47

V aplikacii je opravenych viacero chyb (najvaznejsia chyba sposobujuca zrutenie vypoctu bola sposobena zle inicializovanou premennou).
Pripadne problemy mozete hlasit v diskusnom fore: http://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=4580#57902
Keď nevieš kde si, nemôžeš zablúdiť.
Obrázok

Užívateľov profilový obrázok
Hefto99
Príspevky: 745
Dátum registrácie: Ut Feb 06, 2007 12:59 am
Bydlisko: Zürich, Schweiz

Re: Aktualne aplikacie

Príspevokod užívateľa Hefto99 » Ut Jan 27, 2009 4:47 pm

Bola uvolnena nova aplikacia Minirosetta v1.54.
Nova aplikacia zahrna mnozstvo oprav roznych chyb, detaly najdete na fore:
Minirosetta v1.54 bug report thread

V pripade ak objavite akekolvek problemy, smelo ich reportujte v spominanom fore.
Keď nevieš kde si, nemôžeš zablúdiť.
Obrázok

Užívateľov profilový obrázok
Kiwi
Príspevky: 2056
Dátum registrácie: Ut Feb 13, 2007 5:18 pm
Bydlisko: Sobrance
Kontaktovať užívateľa:

Re: Aktualne aplikacie

Príspevokod užívateľa Kiwi » Št Feb 12, 2009 12:29 am

Padaju vam niektore Min. Rosetty 1.54 na x86_64 Lin. ?
Podstata objavu spočíva vo videní niečoho, čo videli všetci a v premýšľaní o niečom, na čo nikto nepomyslel.
Tachyum Rado Danilák Rottenkiwi

Užívateľov profilový obrázok
gabberattack
Príspevky: 1275
Dátum registrácie: Ut Feb 06, 2007 2:35 am
Bydlisko: Mooresville, NC
Kontaktovať užívateľa:

Re: Aktualne aplikacie

Príspevokod užívateľa gabberattack » Pi Mar 13, 2009 3:45 pm

Vsimol som si zaujimavu vec, Rosetta zacala posielat subory vo formate .zip, cim asi zacala reagovat na pretazenie pasma castym stahovanim jednotiek pouzivatelmi. Neviem ako dlho to takto funguje, akurat teraz mi to stiahlo zopar suborov, vsetky zazipovane. Chvalyhodna vec. :-)
-gabberattack-
Keep The Panic!

...a Windows Vista
padá na Mesiaci
6x pomalšie!

Užívateľov profilový obrázok
Kiwi
Príspevky: 2056
Dátum registrácie: Ut Feb 13, 2007 5:18 pm
Bydlisko: Sobrance
Kontaktovať užívateľa:

Re: Aktualne aplikacie

Príspevokod užívateľa Kiwi » Pi Mar 13, 2009 4:43 pm

NO ja som mal 2 roky obmedzeny net na 2 GB, tak som cely tyzden nemohol nic pocitat,
lebo niektore projekty natahali 1 GB za par dni a do konca mesiaca ostavalo este 25 dni. :D
Rosetta je jeden z projektov, kde sa toho taha dost.
Podstata objavu spočíva vo videní niečoho, čo videli všetci a v premýšľaní o niečom, na čo nikto nepomyslel.
Tachyum Rado Danilák Rottenkiwi


Návrat na "Rosetta@home (RALPH@home)"

Kto je prítomný

Užívatelia prezerajúci toto fórum: Žiadny pripojení užívatelia a 1 neregistrovaný