O čom je Rosetta...

Výskum a vývoj nových algoritmov a metód pre predpovedanie proteínových štruktúr z proteínových reťazcov

Moderátor: Moderátori

Užívateľov profilový obrázok
miloso
Príspevky: 197
Dátum registrácie: Pi Jún 01, 2007 9:21 pm

O čom je Rosetta...

Príspevokod užívateľa miloso » Ut Jan 27, 2009 12:40 am

Bielkoviny, jeden zo štyroch základných bioelementov bunky, bielkoviny, nukleové kyseliny, sacharidy a tuky. Bielkoviny plnia v organizme mnohoraké úlohy a to vďaka premyslenému systému kódovania, z ktorého vyplýva, že existuje množstvo bielkovín skladajúcich sa z 20 aminokyselín a odlišujúcich sa primárnou, sekundárnou, terciárnou a kvartérnou štruktúrou. To má za následok mnohoraké funkcie. Pochopeniu funkcii vyplývajúcich z štruktúry nám pomôže poodhaliť, okrem iného, príčiny a spôsoby liečby niektorých ochorení...




Bielkoviny sú kódované tripletmi nachádzajúce sa na informačnej mRNA, ktorá vzniká v procese transkripcie z DNA. V procese translácie sa na ribozómoch syntetizuje bielkovina z α-aminokyselín (ďalej AK). Na informačnú mRNA sa komplementárne naviaže transportná tRNA s antikodónom, nesúca určitú AK do polymerizačnej reakcie vznikajúceho proteínu. Pritom sa spájajú peptidovími väzbami. V princípe triplety determinujú konkrétne AK a tým stoja za vznikom genetického kódu. Na ňom zase stojí a padá genetika. Preto len malá zmena v triplete môže do bielkoviny zaradiť inú AK a tým spôsobiť ochorenie, napríklad kosáčikovitú anémiu. Veľmi pozvoľna sa dostávam do jadra problému, ktorému som venoval článok.

Poradie AK v bielkovine tvoria primárnu štruktúru, ktorá z funkčného hľadiska determinuje ďalšie konformácie a tým aj konečnú funkciu v bunke a jej celkovú stabilizáciu. Kým primárna štruktúra je postavená na pevných kovalentných väzbách, v ostatných zohrávajú dôležitú úlohu energeticky slabé interakcie ako vodíkové mostíky, Van der Waalsové a disulfidové väzby, hydrofóbne a hydrofilné interakcie. Tieto interakcie poskytujú postranné reťazce AK, tie sú nositeľmi určitých elektrochemických vlastností každej AK. Postranné reťazce môžu byť kyslé, bázické, alifatické, aromatické, obsahujúce –OH alebo –SH skupinu. Tieto postranné skupiny sú dôležité až pri terciárnej štruktúre, ktorú opíšem neskôr. Chrbticu bielkovín tvoria práve vodíkové mostíky a nie medzi postrannými reťazcami ale medzi karbonylovým kyslíkom a vodíkom aminoskupiny obsiahnutých v peptidovej väzbe.

Tá chrbtica je prvá dôležitá stabilizácia ako usporiadanie primárneho poradia AK do priestorovej štruktúry: α-helix, β-skladaný list a β-ohyb, tj. sekundárna štruktúra. Pri tomto usporiadaní postranné reťazce vytŕčajú do priestoru, kolmo na os helixu. Konkrétne, α-helix je pravotočivá špirála vznikajúca vodíkovým spojením karbonylovej skupiny jednej AK a aminovej skupiny s vodíkom predchádzajúcej štvrtej AK v jednej časti reťazca. Tieto mostíky sú rovnobežné s osou helixu. Ak sa v sekvencii nachádzajú AK prolín, glycín a tyronín nastáva porušenie helixu, tieto AK sa nedokážu zaradiť do závitnice. β-ohyb vzniká vodikovým mostíkom medzi karbonylovým uhlíkom jednej AK a amidovým vodíkom tretej AK. Je to vlastne otočenie bielkovinového reťazca o 180°. Dosiahnu sa tak dva paralelné časti reťazca, ktoré sa zase môžu navzájom spojiť medzi kyslíkom a vodíkom obdobne ako pri predchádzajúcich štruktúrach. Takto sa vytvára štruktúra β-skladaného listu.

Pri vyššom stupni usporiadanosti hrajú dôležitú úlohu už spomínané postranné reťazce AK. Základný reťazec pozostávajúci z α a β štruktúr sa ďalej v priestore modeluje a vytvára konečnú fibrilárnu (vláknitú) alebo globulárnu (klbkovitú) formu bielkoviny nazývaná ako terciárna štruktúra. Postranné reťazce sa vo vodnom prostredí na základe elektrochemických vlastností interagujú s cieľom vytvoriť nízkoenergetickú a stabilnú formu. To znamená použitie čo najväčšieho množstva energie na denaturáciu, rozrušenie, bielkoviny. Navyše sa môžu jednotlivé bielkoviny spájať ako podjednotky do zložitejších komplexov dvoch a viacerých proteínov, takzvanej kvartérnej štruktúry. Napríklad inzulín pozostáva z A-reťazca (21 AK) a B-reťazca (30 AK) alebo hemoglobín sa skladá z dvoch α a dvoch β podjednotiek.

Tieto štruktúry determinujú určité funkčné vlastnosti na základe fyzikálnych a chemických vlastností. Medzi fyzikálne patrí napríklad aj rozpustnosť. Fibrilárne sú vo vode nerozpustné a plnia najmä mechanickú funkciu, keratín (nechty, vlasy), kolagén (chrupavky, šľachy), fibrín (hemokoagulácia), aktín, myozín a tropomyozín (svaly). Globulárne sú vo vode rozpustné a preto sú aj dôležité pri energetickom metabolizme bunky (70% objemu tela tvorí vodné prostredie), transportná (hemoglobín) stavebná a transportná (membránové bielkoviny) signálna (hormóny a receptory) obranná (globulíny) osmotická (albumíny), katalytická (enzýmy) funkcia, atď. Chemické vlastnosti určujú takzvané aktívne miesta (miesto) proteínu, vpodstate určuje spôsob interakcie s inými molekulami a iónmi. Toto miesto sa vyskytuje pri enzýmoch. Je to špecifické poradie AK, odhalené miesto ostatnými časťami bielkoviny aby bol možný prístup, napríklad, substrátu. Určité sekvencie AK môžu viazať ióny alebo nízkomolekulové látky (napr. vitamíny) ako kofaktory enzýmov alebo pre iný účel. Napríklad v hemoglobíne je naviazaný ión Fe2+, alebo relaxačná bielkovina torponín má aktívne miesto pre Ca2+ a následnou zmenou konformácie tropomyozínu umožní sťah svalu.

Medzi najdôležitejšie proteíny patria práve enzýmy. Majú úlohu takzvaných biokatalyzátorov. To znamená urýchľujú chemické reakcie v bunke, ktoré by za normálnych okolnosti buď neprebiehali vôbec alebo veľmi pomaly, pričom z reakcie vychádzajú v nezmenenej forme. Môžu pôsobiť pri katabolických procesoch (rozkladných, štiepenie polymérov a jednoduchých molekúl pri uvoľnení energie) alebo anabolicky (tvorba polymérov a jednoduchých molekúl za dodanie energie). Umožňujú normálny chod bunky od reparačných mechanizmov, tvorba bunečných štruktúr po uvoľňovanie energie pri metabolizme a rozklad štruktúr v bunke. Na ich správnom fungovaní závisí životaschopnosť bunky. Práve poznanie funkčných vlastností a poznanie ich "pohybovej" aktivity, teda poznanie postupnosti chemických reakcii krok po kroku (reparácia DNA) nám uľahčí objavovanie liekov na mnohé choroby. Umožní nám vytvoriť liek na mieru.

Túto časť článku by som nazval ako stručný úvod do biochémie proteínov, ich genéza a funkcie v bunke. Teraz by som sa prehupol do druhej časti a to do počítačovej simulácie, ktorú nám poznanie predošlých vecí pomôže pochopiť.

Aj tie najjednoduchšie procesy sú strašne zložité a nie to ešte niečo ako reparácia DNA DNA-polymerázou. Tento enzým umožňuje opraviť poškodenú DNA, znovu nasyntetizovať správnu sekvenciu nukleotidov a tým napríklad opraviť alebo obnoviť tvorbu dôležitého proteínu, ktorý tam bol pôvodne kódovaný. Môže sa stať, že takto poškodená, neopravená bunka sa bude neobmedzene množiť (bez adhéznej aktivácie a kontaktnej inhibície) a môže vytvárať benígne (nezhubné) alebo malígne (zhubne) nádory. Však viete ako dokážu zničiť život a určite chápete úsilie ju liečiť bez drastických liečebných postupov akou je chemoterapia a ožarovanie. Môžem s čistým svedomím povedať, že rakovinové bunky doslova vyciciavajú život zo zdravých buniek. Tu nám prichádza na pomoc počítačová simulácia. Práve ona nám dokáže objasniť prirodzené reparačné procesy, ktoré môžeme využiť pri tvorbe liekov, prakticky umelo pripravených účinných reparačných enzýmov.

Tieto reparačné enzýmy sú veľmi zložité komplexy. Ich úlohou je skenovať DNA, nájsť poškodené miesto, opraviť ho a znovu pokračovať v skenovaní. Problém nastáva pri otázke: Ako to funguje? Akým spôsobom deteguje porušenie, aké aktívne miesta enzýmu sú pri tom dôležité, ako sa pohybuje po molekule DNA, ako prinesie nukleotid na opravu, na akej časti a ako je prichytený, ako sa zabezpečí naviazanie DNA a nukleotidu, atď. Vidíte, že to vôbec nie je jednoduché. Všetky tieto interakcie ako detegovanie, naviazanie, prinesenie a opravenie priamo závisia od štruktúry proteínu. Práve tej štruktúry, ktorá je opisovaná na začiatku. Vlastne celá táto "operácia" je synchronizovaný pohyb nízkoenergetických interakcii. V princípe aj celkový život organizmu a bunky samotnej je len chémia slabých interakcii. No keď poznáme silové pôsobenie týchto interakcií môžeme na základe toho napísať algoritmus, podľa ktorého bude počítač pracovať na simulácii. Potom sa do programu nahádžu priami a nepriami aktéri (DNA, enzýmy, voda, iónové zloženie karyoplazmy...). Na výstupe môžeme sledovať krok po kroku celú "policajnú operáciu" týchto enzýmov. Zistime odpovede na vyššie položené otázky, tieto len zas môžeme použiť pri vývoji liekov. Dúfam, že si uvedomujete, že tento proces je náročný na výkon počítača a od jeho rýchlosti závisí ako rýchlo budeme mať výsledky. Za predpokladu, že máme dobrý algoritmus.

Teraz prejdeme k tomu ako aj Vy môžete pri tomto pomôcť a byť priamo zapojený vo výskume. V súčastnosti potrebujeme v prvom rade poznať funkcie proteínu a to zistíme na základe primárnej štruktúry, ktorá sa premietne do konečnej priestorovej a stabilnej terciárnej/kvartérnej štruktúry. Človek pozná funkcie len obmedzeného množstva proteínov. Ale dokážeme si pomocou DNA proteín nasyntetizovať a pomocou známych interakcií nasimulovať tvar, teda aj virtuálne študovať ich funkciu a neskôr aj správanie sa v konkrétnych podmienkach za konkrétnej situácie. Vyrieši to problém, že pri podmienkach in vivo a in vitro je to veľmi obtiažné a prakticky nemožné priamo pozorovať. Na druhej strane na nasimulovanie nejakého proteínu potrebujeme veľký počítačový výkon, to sme znova pri klasickom probléme: nedostatok financií na vytváranie a prevácku superpočítačov. Navyše k tomu, obtiažnosť simulácie geometricky narastá s veľkosťou proteínu, počtom AK v reťazci a veľkosťou systému. Čiže kde budeme simulovať? Na akých počítačoch? Je to síce beh na dlhé trate, ale musíme niekde niekde začať a vyštartovať aby sme podbehli bližšie k vytúženému cieľu.

Kto chce hľadá spôsob a kto nechce hľadá dôvod. Niekto veľmi chcel a využil rozšírenie internetu medzi bežnými ľuďmi. Vznikol gird systém BOINC (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing / Otvorená infraštukrúra pre sieťové výpočty z Berkeley) Históriou vzniku sa nejdem zaoberať, teraz je to nepodstatné. Ale čo je podstatné, že je to program ktorý môže spracovávať rôzne vedecké časovo a výkonovo náročné výpočty, využívajúci dobrovoľne poskytnuté zdroje počítačov pripojených na internet. Rosetta@Home ja jeden z mnohých projektov využívajúcich túto sieť užívateľov.

Čo je prvoradou úlohou Rosetty? Zaoberá sa foldingom (modelovaním) proteínov do terciárnej štruktúry a spájaním do kvartérnej štruktúry spôsobom opísaním vyššie. Ako východiskové údaje stačia atómy nachádzajúce sa v reťazci AK, ostatné je len matematika, vďaka bohu, že energiu nemusíme počítať ručne, na to máme projekty podobné Rosette. Takže celkovým modelovaním proteínu sa snažíme nájsť najstabilnejšiu konformáciu. Inými slovami povedané stav s čo najnižšou vnútornou energiou. Teda po skončení budeme mať pred sebou proteín vhodný na ďalšie spracovanie a študovanie vedcami, ktorým takto pomôžeme dostať zhluk atómov do reálno-virtuálnej viditeľnej podoby. Už nie sú odkázaný na schematické pozorovania "priamo" "neviditeľného" proteínu v skúmavke. Dá sa aj simulovať vzťah k nejakým iónom (Zn2+) ako kofaktorom alebo aktivátorom enzýmu. Navyše Rosetta počtárom vizuálne ukáže screen, kde je ukázaná štruktúra pre ktorú sa v tom momente počíta energetický stav. Názorné ukážky:

Program nie je dokonalý, však ho písal človek, ale rosetta sa stále zdokonaľuje čo značne urýchľuje a tvorí korektné výsledky. Aj preto sa berú do úvahy konformácie vytvorené viacerými programami. Po tomto procese je hotový proteín uložený do databanky, voľne prístupnej vedcom, vlastne aj nám. A celkový výkon? U Rosetty to činí 86 TeraFLOPS a systém BOINC produkuje 1,3 PetaFLOPS, teda 1 300 TeraFLOPS (26. 01. 2009).

Výsledky? Aj Tu (CASP8) si môžete pozrieť aktuálne nasimulované proteíny (nielen Rosetty ale aj iných techník a spôsobov modelovania). Pomocou programu PyMOL si môžete pozrieť 3D štruktúru tej ktorej konkrétnej bielkoviny. Ukážem príklad nejakého porovnania:

Zaujalo Vás to? Chcete sa pripojiť? Hľadáte spôsoby a nie dôvody? Je načase pozrieť návod v mojich predošlých článkoch a na http://boinc.sk/ alebo pre pomoc na http://forum.boinc.sk. A žiadne výhovorky o spotrebe, opotrebovaniu a zaťaženiu CPU, všetko sa dá nastaviť podľa potreby každého užívateľa. Keby Vám práve Rosetta nevyhovovala rozsahom a náročnosťou jednotiek, tak na výber sú podobné projekty aj projekty z iných zaujímavých oblastí.

Modelovaniu zdar!!!!

„Kto chce hľadá spôsob a kto nechce hľadá dôvod”


© by OŠO (miloso)


s obrázkami tu http://lassak.blog.sme.sk/c/180470/BOIN ... aHome.html

----
----
----

čo poviete, je to seriózny článok vhodný aj na BOINC web? :-k
Obrázok Obrázok

Užívateľov profilový obrázok
Hefto99
Príspevky: 745
Dátum registrácie: Ut Feb 06, 2007 12:59 am
Bydlisko: Zürich, Schweiz

Re: O čom je Rosetta...

Príspevokod užívateľa Hefto99 » Ut Jan 27, 2009 1:50 am

Clank je super a jednoznacne patri na novy web.

Avsak sa obavam sa, ze pre siroku masu citatelskej verejnosti na SME je prilis odborny a vacsina ludi skonci na druhom odstavci :(
Chcelo by tam vhodne zakomponovat Durianovu alebo Fica, popripade tendre na ministerstve dopravy :) .

[edit]Skus sa teda v buducich clankoch vyvarovat velkemu mnozstvu odbornej terminologie - pises pre masy a tym to treba vysvetlit polopate.[/edit]

Ale velmi prijemne si ma prekvapil - klobuk dolu a tesim sa na dalsie clanky na SME aj na novom webe :)
=D> =D> =D>

K+
Keď nevieš kde si, nemôžeš zablúdiť.
Obrázok

Užívateľov profilový obrázok
gabberattack
Príspevky: 1275
Dátum registrácie: Ut Feb 06, 2007 2:35 am
Bydlisko: Mooresville, NC
Kontaktovať užívateľa:

Re: O čom je Rosetta...

Príspevokod užívateľa gabberattack » Ut Jan 27, 2009 5:54 am

Paradny clanok, je fajn, ze si ho dal na SME. Trosicku dlhy na tieto noviny ako pise Hefto, no kto chce, precita si. Davam 100 bodov. Skus ho dat na web a napis nejake poznatky ako to slo - ci si mal potiaze s formatovanim, obrazkami, alebo cokolvek ine. Ja som schopny spravit kratke navody, no na dlhe pisanie nie som - prave nedavno som ukoncil moj zaverecny skolsky projekt prednaskou a papierom na 30 stran a musim povedat, ze mam toho plne zuby. Zpatna vazba z pisania dlhych clankov nam chyba zatial pre boinc.sk. Super praca, veru. Ak mozem poradit, skus ho rozdelit na 2-3 kratsie ucelene celky, nieco ako clanok na pokracovanie - lahsie sa to bude citat a mozes tam dat aj viac veci, ako ked mas jeden dlhy clanok a robis kompromisy co tam dat a co nie. Na SME to velmi nejde, ale na nasom webe to bude idealne.
-gabberattack-
Keep The Panic!

...a Windows Vista
padá na Mesiaci
6x pomalšie!

Užívateľov profilový obrázok
Palo M.
Príspevky: 1190
Dátum registrácie: Po Feb 12, 2007 3:53 am
Bydlisko: Shanghai, China

Re: O čom je Rosetta...

Príspevokod užívateľa Palo M. » Ut Jan 27, 2009 7:43 am

Hurá, ďalší autor!

Jednoznačne pozitívny počin. Na náš web by sa ten článok mal mierne upraviť: napríklad ten odsek približne v strede začínajúci "Kto chce hľadá spôsob..." zbežne predstavuje BOINC, to na našom webe už netreba; takisto ten koniec článku by samozrejme odkazoval už priamo na stručný popis projektu. Vlastne by nešlo o obsahové úpravy, ale len o zapadnutie do webu.

A pravdu povediac, aj na mňa to bolo dosť husté a to hlavne zo začiatku... "tvoria primárnu štruktúru, ktorá z funkčného hľadiska determinuje ďalšie konformácie"... ufff, to by sa asi mohlo zapísať ako "tvoria primárnu štruktúru, ktorá z funkčného hľadiska určuje ďalšie štruktúry" - opakovanie slova štruktúra (za opakovanie slov nás na slohu vždy buzerovali) v tomto prípade nie je až také zlé.
Ešte keby sa tam doplnili linky k termínom, ktoré nie sú úplne bežné ani pre BOINCákov (napríklad linky z mRNA, tRNA a podobných termínov na slovenksú wikipédiu)... aby aj takí lenivci ako ja mohli čítať článok pohodlne.
A možno by to chcelo nejaké podnadpisy... síce text je rozdelený do odsekov a sú tam aj obrázky, takže to vizuálne vyzerá príjemne... ale z obsahového hľadiska sú tam minimálne 3 časti - prvá je všeobecný teoretický úvod, druhá je o počítačovej simulácii biologických procesov a nakoniec je tam popis projektu Rosetta a jeho aplikácie, takže 3 podkapitoly by tam v pohode zapadli.

No ale to sú len také moje kuvičie hlasy. Myslím, že aj úplná kópia tohoto článku na našom webe bude dobrá vec.


Ešte trochu od témy: Čo má symbolizovať ten Bf-109G v tvojom blogu? Vyzerá to byť verzia G-6 (s MG 151/20 pod krídlami), z I./JG27...

Užívateľov profilový obrázok
Kiwi
Príspevky: 2056
Dátum registrácie: Ut Feb 13, 2007 5:18 pm
Bydlisko: Sobrance
Kontaktovať užívateľa:

Re: O čom je Rosetta...

Príspevokod užívateľa Kiwi » Ut Jan 27, 2009 12:40 pm

=D> =D> =D> Vyborne. Ked budem mat nove skla, tak si to precitam, a aj ja sa pustim
do niecoho dlheho, len najprv musim porazit stres a jeho dosledky na moje oci. :)
Podstata objavu spočíva vo videní niečoho, čo videli všetci a v premýšľaní o niečom, na čo nikto nepomyslel.
Tachyum Rado Danilák Rottenkiwi

Užívateľov profilový obrázok
miloso
Príspevky: 197
Dátum registrácie: Pi Jún 01, 2007 9:21 pm

Re: O čom je Rosetta...

Príspevokod užívateľa miloso » Ut Jan 27, 2009 7:27 pm

Vďaka za pozitívne reakcie, umocnili môj pocit z dobre urobenej práce. Hádam tam nie sú nepresnosti a nejaká krkolomná syntax

Re: Hefto:
Ja neviem ako sa dá napísať takýto článok pre masu. To mám písať v podobenstvách ako Ježiš, čo by si potom ľudia vykladali po svojom? :) Veď takto podobne sa píše aj v populárnych plátkoch ako je QUARK, tiež keď niečomu nerozumiem tak si vyhľadám. Chcel som vytvoriť nejaký seriózny článok, ktorý aj niečo naučí, nový pojem, aj keď je tam niečo z každého rožku trošku. Článok pre masy je typu: "Paris Hilton ukázala nohavičky" pri takých článkoch fakt netreba uvažovať. Ja si myslím, že články vedeckého zamerania vyžadujú určité racionálne uvažovanie. A to množstvo terminológie, mám pocit, že každé slovíčko sa dá pochopiť z kontextu. Samozrejme som chcel aj trochu pomachrovať. A čo sa týka článkov, in sú o viere na každý spôsob :)

Re gabb:
Pôvodne som sa nechcel moc šprtať v novom webe, som tak trochu pasívny, ale prehovoril si ma, skúsim to :)

Re: Palo:
Fakt je to chyba, keď v náučno-populárnom článku používam termíny, ktoré sú prakticky zrozumiteľné? Ja taký pocit nemám. Mne viac vadí, že nemám skúsenosti s písaním (prednášaním) pre ľudí, že použijem nejaký nezrozumiteľný slovosled ako že niekto hneď nepochopí nejakému slovu, ktoré sa dá vyhľadať. Ako som povedal “kto chce hľadá spôsob...“ mimochodom, ten výrok povedal forest v diskusii na pctuning pod svojím článkom :)
Linky na nejaké termíny môžu byť, ale to už sú informácie úplne nad rámec a cieľ článku. Ani kompromisy som nerobil, myslím, že som napísal všetko čo som chcel. A pod nadpisy sú dobré, zariadim to.

Áno je to Bf 109G-6/R3R6 môj obľúbený typ výzbroje s prídavnou nádržou, svojho času som bol maniak do hry IL-2 Sturmovik a písal som "knihu" o technických parametroch nemeckých lietadiel, leteckých motorov a zbraní. Ale nechal som toho ma vytáčalo že na internete je toľko rozporuplných informácii a človek si nevie vybrať správne info. Teraz zvažujem, že tie strany aj zverejním na blog, nech je to na úžitok.

Ešte sa chystám na opis screenu. Tak nabudúce...
Obrázok Obrázok

Užívateľov profilový obrázok
miloso
Príspevky: 197
Dátum registrácie: Pi Jún 01, 2007 9:21 pm

Re: O čom je Rosetta...

Príspevokod užívateľa miloso » Po Feb 02, 2009 1:15 am

po vydaní článku sa do týmu pridali min 4 ľudia, nech im to vydrží :D ...to som iba klikal BOINCstats na nových uživateľona chvoste, dá sa to pozrieť na nejakej stránke priamo?

EDIT: mojou nepozornosťou som sklzol na nespravný dátum, tak len 1 :( ten asi potom prišiel nezávisle
Naposledy upravil/-a miloso v Po Feb 02, 2009 1:40 am, upravené celkom 1 krát.
Obrázok Obrázok

Užívateľov profilový obrázok
gabberattack
Príspevky: 1275
Dátum registrácie: Ut Feb 06, 2007 2:35 am
Bydlisko: Mooresville, NC
Kontaktovať užívateľa:

Re: O čom je Rosetta...

Príspevokod užívateľa gabberattack » Po Feb 02, 2009 1:23 am

-gabberattack-
Keep The Panic!

...a Windows Vista
padá na Mesiaci
6x pomalšie!

Užívateľov profilový obrázok
miloso
Príspevky: 197
Dátum registrácie: Pi Jún 01, 2007 9:21 pm

Re: O čom je Rosetta...

Príspevokod užívateľa miloso » Ut Feb 10, 2009 6:36 pm

druhá časť, zatiaľ posledná, dám si pauzu, konečne som napísal to čo som chcel už pred rokom http://lassak.blog.sme.sk/clanok.asp?cl=180889 otázočka na Jura, čo ste zistili s tým ku-heterodimérom o ktorom si písal v starom fóre, objavili ste v tom japonsku niečo?
---
dnes som sa pýtal doc. Kaplána po prednáške o enzýmoch čo povie na Rosettu, a predstavte si, neodbil ma ako na gympli. aj ho to zaujalo, len nevedel, či to pretlačí, mám sa niekedy staviť :)
Obrázok Obrázok

Užívateľov profilový obrázok
Kiwi
Príspevky: 2056
Dátum registrácie: Ut Feb 13, 2007 5:18 pm
Bydlisko: Sobrance
Kontaktovať užívateľa:

Re: O čom je Rosetta...

Príspevokod užívateľa Kiwi » Ut Feb 10, 2009 7:18 pm

No dnes ma nikto nezobudil, tak som mohol co-to precitat. Na zaciatku ides na citatela
dost zlozito a prve dva odseky vyzaduju dost velke sustredenie, najma na zapamatanie
pojmov, aby clovek dalej vedel, o co ide. Cize ked si to precita clovek, ktory na chemii
a biologii "chybal", tak je dost pravdepodobne, ze to dalej nedocita. Inac je to obsahovo
dobre. Problemom je vsak stylizacia, predmetove a prisudkove vazby, singular sa miesa
s pluralom, bezne chyby, ako cierky, pomlcky, otazniky, napr. sucasnost.
Este tuto vetu treba preformulovat:
"Tá chrbtica je prvá dôležitá stabilizácia ako usporiadanie primárneho poradia AK do priestorovej štruktúry"

To je problem aj u mna, ked to potom znova citam, tak som lenivy to poravit, vsak. :)
No idem na to pokracovanie.
Treba tam opravit, napr. hovori - sloveso, vztahoch a princiPOCH, tvarOV proteinov,
majÚ zastúpenie, jednu z mnohych simulácií,
Podstata objavu spočíva vo videní niečoho, čo videli všetci a v premýšľaní o niečom, na čo nikto nepomyslel.
Tachyum Rado Danilák Rottenkiwi

Užívateľov profilový obrázok
Duro Kotulic Bunta
Príspevky: 1862
Dátum registrácie: St Feb 07, 2007 4:00 pm
Bydlisko: Stupava
Kontaktovať užívateľa:

Re: O čom je Rosetta...

Príspevokod užívateľa Duro Kotulic Bunta » Ut Feb 10, 2009 11:40 pm

Miloso, k tomu Ku-heterodimeru odpoviem neskor, teraz nestiham, a dvoma vetami nechcem odpovedat...
It is by logic that we prove, but by intuition that we discover. [J.H. Poincaré, mathematician]
A man who knows how to be alone is never lonely. [Osho]

Užívateľov profilový obrázok
gabberattack
Príspevky: 1275
Dátum registrácie: Ut Feb 06, 2007 2:35 am
Bydlisko: Mooresville, NC
Kontaktovať užívateľa:

Re: O čom je Rosetta...

Príspevokod užívateľa gabberattack » Ut Feb 10, 2009 11:55 pm

Na nasom novom webe budu tuto jazykovednu ulohu zastavat redaktori, alebo aspon jeden z nich. Kazdy clanok pred uverejnenim prejde redaktorskou upravou, takze by sa to nemalo vypustit len tak. Osobne ma celkom bavi stylizacia viet, takze sa do toho mozem pustit potom.
Naposledy upravil/-a gabberattack v St Feb 11, 2009 6:15 pm, upravené celkom 1 krát.
-gabberattack-
Keep The Panic!

...a Windows Vista
padá na Mesiaci
6x pomalšie!

Užívateľov profilový obrázok
miloso
Príspevky: 197
Dátum registrácie: Pi Jún 01, 2007 9:21 pm

Re: O čom je Rosetta...

Príspevokod užívateľa miloso » St Feb 11, 2009 5:29 pm

to Juro: OK času mám dosť...:)

to Kiwi: ja nie som lenivý si to opraviť, len si to nevšimnem, štylistika nie je moja silná stránka.
"Problemom je vsak stylizacia, predmetove a prisudkove vazby, singular sa miesa
s pluralom, bezne chyby, ako cierky, pomlcky, otazniky, napr. sucasnost."
to som až tak neschopný :roll: a ak budete taký dobrí, múžete napísať aké chyby robim najčastejšie. (nie také čo preskenuje Word alebo Openoffice)

A ešte Kiwi pri tvojom článku o LHC som sa tiež musel pekelne sústrediť, ale nesťažoval som sa :D
Obrázok Obrázok

Užívateľov profilový obrázok
Kiwi
Príspevky: 2056
Dátum registrácie: Ut Feb 13, 2007 5:18 pm
Bydlisko: Sobrance
Kontaktovať užívateľa:

Re: O čom je Rosetta...

Príspevokod užívateľa Kiwi » St Feb 11, 2009 9:34 pm

Neber kritiku ako staznost, cim viac ludi ta kritizuje, tym lepsie. Skor budes vediet viac,
ako oni vsetci dokopy. :)
Podstata objavu spočíva vo videní niečoho, čo videli všetci a v premýšľaní o niečom, na čo nikto nepomyslel.
Tachyum Rado Danilák Rottenkiwi

dango
Príspevky: 80
Dátum registrácie: Ut Jan 27, 2009 11:57 pm
Bydlisko: Poprad / Kosice

Re: O čom je Rosetta...

Príspevokod užívateľa dango » Pi Sep 03, 2010 10:23 pm

niekto so schopnejsou anglictinou ako som ja a translator na preklad a lepsie pochopenie? :)

http://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum ... true#67551

dakujem


Návrat na "Rosetta@home (RALPH@home)"

Kto je prítomný

Užívatelia prezerajúci toto fórum: Žiadny pripojení užívatelia a 2 neregistrovaní