Rosetta

Výskum a vývoj nových algoritmov a metód pre predpovedanie proteínových štruktúr z proteínových reťazcov

Moderátor: Moderátori

Ako by ste privitali slovensku mutaciu stranok projektu Rosetta?

Pre mna to nema vyznam, na projektoch pouzivam anglicke mutacie.
5
22%
Ulahcilo by mi to orientaciu na stranke projektu. S anglictinou mavam casto potiaze.
4
17%
Je mi to jedno. Aj ked existuju verzie niektorych projektov v ceskej mutacii, pouzivam vacsinou anglicku verziu.
6
26%
Je to vyborny napad. Chcelo by to slovenske mutacie vsetkych projektov. Myslim si, ze by to pomohlo narastu novych clenov zo Slovenska.
8
35%
 
Celkom hlasov: 23

Užívateľov profilový obrázok
gabberattack
Príspevky: 1276
Dátum registrácie: Ut Feb 06, 2007 2:35 am
Bydlisko: Mooresville, NC
Kontaktovať užívateľa:

Rosetta

Príspevokod užívateľa gabberattack » Št Feb 22, 2007 5:08 am

Pomaly pracujem na preklade stranok, no ide mi to pomaly - zopar viet kazdy den pred spanim. Nemam tolko casu, kolko by som si zelal, preto to asi dokoncim tak najskor o mesiac. :-) Je tam pekne mnozstvo odbornych vyrazov a spojeni, ktore sa snazim prelozit co najlepsie. Niekedy sa vsak neda dodrzat vetna struktura a preklad musim robit volne (inak by to vyzeralo smiesne, pripadne velmi divne). Dufam, ze su ludia, ktori sa venuju prekladu aj dalsich projektov.
-gabberattack-
Keep The Panic!

...a Windows Vista
padá na Mesiaci
6x pomalšie!

Užívateľov profilový obrázok
Kiwi
Príspevky: 2056
Dátum registrácie: Ut Feb 13, 2007 5:18 pm
Bydlisko: Sobrance
Kontaktovať užívateľa:

Ang.mut.

Príspevokod užívateľa Kiwi » Št Feb 22, 2007 2:15 pm

Velmi by to prospelo tym, co nemaju dostatocnu zasobu anglickych slov,
a tiez by to pomohlo tym, co anglictinu, hlavne odbornu pouzivaju,
ale clovek nikdy nevie dost :).
Ale tym, co neovladaju jeden svetovy jazyk, odporucam kazdy
den 100 slov v jazyku, ktory chcu vediet aspon pasivne.
Niekedy neboli slovenske lokalizacie, co bolo dobre hlavne nato,
ze clovek nezlenivel a nieco sa naucil. Teraz to nie je naskodu.
Podstata objavu spočíva vo videní niečoho, čo videli všetci a v premýšľaní o niečom, na čo nikto nepomyslel.
Tachyum Rado Danilák Rottenkiwi

Užívateľov profilový obrázok
gabberattack
Príspevky: 1276
Dátum registrácie: Ut Feb 06, 2007 2:35 am
Bydlisko: Mooresville, NC
Kontaktovať užívateľa:

Príspevokod užívateľa gabberattack » Ut Mar 13, 2007 5:23 am

Rosetta uvolnila noveho klienta 5.51. Nemal som ho este moznost vyskusat, lebo mam natahane stare jednotky este pod klientom 5.48. Mala by tam byt mierne zmenena grafika a k tomu nova metoda predpovede struktur molekul RNA. Takisto je tam moznost zmeny farieb bocnych retazcov struktur v grafickom zobrazeni vypoctu (to uz je ale skor uz len ceresna navrchu). :-)
-gabberattack-
Keep The Panic!

...a Windows Vista
padá na Mesiaci
6x pomalšie!

Užívateľov profilový obrázok
MeX
Site Admin
Príspevky: 479
Dátum registrácie: Po Feb 05, 2007 3:13 pm
Bydlisko: Bratislava, Slovensko
Kontaktovať užívateľa:

Re: Rosetta

Príspevokod užívateľa MeX » Ut Mar 13, 2007 5:12 pm

gabberattack napísal:... Je tam pekne mnozstvo odbornych vyrazov a spojeni, ktore sa snazim prelozit co najlepsie. Niekedy sa vsak neda dodrzat vetna struktura a preklad musim robit volne (inak by to vyzeralo smiesne, pripadne velmi divne) ...

Inak sa to snad ani neda, doslovny preklad by bol asi naozaj necitatelny..

Užívateľov profilový obrázok
miloso
Príspevky: 197
Dátum registrácie: Pi Jún 01, 2007 9:21 pm

Príspevokod užívateľa miloso » Ut Sep 11, 2007 7:54 pm

potreboval by som trochu pochopiť grafiku červených štvorčekov rosetty
Obrázok
tu predpokladám že tu su vypočítané najnižšie energie celej molekuly od rôznych uživateľov

Obrázok
tu predpokladám že to sú najnižšie energie mojej skúmanej polohy, čo mi nejde do hlavy je, že tam vidím aj nižšie energie

môže mi niekto povedať či uvažujem správne (mám v tom trocu zmätok :-). možno by pomohlo, keby som vedel čo presne znamená RMSD "ukazuje, jak blízko je současná přijatá struktura správné odpovědi"-tomu celkom nechápem,aká blízkosť správnej polohy ked ju nevieme a máme ju vypočítať? a z toho tiež prečo sa uvádzajú na http://boinc.bakerlab.org/rosetta/rah_t ... ns_old.php 2 grafy 1 s najnižšou energiou (čo som počul tak toto hľadá rosetta) a 1 s najnižším RMSD (včom sa odľišule od molekuly s najniž energiou).

uff, rozumiete reči môjho kmeňa :roll:
Obrázok Obrázok

Honza
Príspevky: 953
Dátum registrácie: Po Feb 05, 2007 8:20 pm
Bydlisko: Praha

Príspevokod užívateľa Honza » Ut Sep 11, 2007 10:22 pm

Nevim, jestli v orientaci trochu nepomuze clanek, kterym jsem predloni predstavoval grafiku Rosetty na boinc.cz

Užívateľov profilový obrázok
miloso
Príspevky: 197
Dátum registrácie: Pi Jún 01, 2007 9:21 pm

Príspevokod užívateľa miloso » St Sep 12, 2007 7:42 am

máš pravdu, ten článok + moje vedomosti z biochémie = vädší rozhľad. to som si prečital už dávno už dávno. lenže nikde som nenašiel odpoveď na otázku prečo mám označené stavy štvorčekmi, podľa mňa, nie s najnižšoím energitickým stavom (tie obrázky sú z jednej molekuly a štvorčeky sa vlastne nezhodujú a neoznačujú asi najnižšie stavy) a ešte prečo hľadá rosetta aj stavy s najnižším RMSD. a to ani neviem čo presne znamená a prečo to rosetta vôbec hľadá.
Obrázok Obrázok

Užívateľov profilový obrázok
Duro Kotulic Bunta
Príspevky: 1862
Dátum registrácie: St Feb 07, 2007 4:00 pm
Bydlisko: Stupava
Kontaktovať užívateľa:

Príspevokod užívateľa Duro Kotulic Bunta » St Sep 12, 2007 11:04 am

RMSD znamena Root mean square deviation (niekeyd sa pouziva aj distance), cize inymi slovami je to cislo ktore sa vypocita ako odmocnina zo suctu stvorcov rozdielu vzdialenosti (alebo poloh v priestore) pre vsetky atomy danej molekuly. Este zrozumitelnejsie povedane, je to cislo vyjadrujuce ako velka zmena tvaru molekuly nastala (ten stvorec a odmocnina su tam kvoli tomu, aby sa nebrala do uvahy priestorova zlozka suradnic, ale iba cisto vzdialenost bez ohladu na smer/znamienko). Ta zmena moze byt vzhladom na startovaci ustrukturu (to vtedy, ak nie je znama cielova), alebo aj voci nejakej cielovej strukture (ak ju pozname - napr. podla vypoctu energie).

Co sa tyka dovodu, preco sa rata struktura s nejmansim RMSD a aj s najmensou energiou, odpoved je pomerne jednoducha - kedze atomy maju rozne vlastnosti, a kedze rozne molekuly su zlozene z velkeho poctu roznych atomov, tak RMSD ako cislo vyjadrujuce priestorove usporiadanie (resp. rozdiel od startovacej ci cielovej struktury) nemusi oznacovat energeticky najvyhodnejsiu strukturu molekuly. Napr. dva atomy vodika vzdialene od seba napr. desatinu nanometrea budu mat inu vzajomnu energiu ako keby sa jednalo o atom vodika a atom kyslika v tej istej vzdialenosti. Cize RMSD je jeden z udajov, ktory je dolezity z hladiska posudzovania stability tvaru molekuly, druhym - a vlastne dolezitejsim, primarnym - je energia molekuly. RMSD je pomocny udaj, smerodatny je energeticky.
Je to preto, lebo priroda sa vzdy riadi zakonom najnizsej energie, vsetky tvary cohokolvej vo vesmire su take, aby vyzadovali co najmensiu energiu na svoju existenciu. Preto ma napr. planeta, hviezda alebo aj padajuca kvapka vody tvar gule, preto ma galaxia tvar spiraly alebo elipsy, preto veci v gravitacnom poli padaju (aby minimalizovali potencialnu energiu) atd. Vesmir proste setri energiou, a pritom ani za nu nemusi platit ucty.. :-)
A preco sa teda nepouziva len ta enegia, ked je primarna? To je tiez jednoducha odpoved - a vyplyva z nedokonalosti cloveka, resp. algoritmov ktore pouzivame na vypocty. Vesmir RMSD nepotrebuje, potrebuju ho len nedokonali ludia. Problem pri vypoctoch energie velkych molekul je totiz ten, ze tak velka molekula ma obrovske mnozstvo energetickych aj priestorovych konfiguracii, a velmi zavisi od toho, aku startovaciu poziciu si zvolite. Ziaden algoritmus na vypocet energie molekuly nie je dokonaly, a moze sa stat, ze algoritmus dospeje k energetickemu minimu, ktore vsak bude len lokalne, a nie globalne. Vacsina algoritmov je zalozena na minimalizacii derivacii priestorovych a energetickcyh zmien, inymi slovami, algoritmus skusa menit polohy atomov v molekule o malicke krociky a sleduje, co sa deje s energiou - ak energia klesa, posuva atomy v danom smere dalej, ak stupa, posuva atomy v inych smeroch. Takymto pristupom vsak moze nastat situacia, ze sice v istych smeroch bude energia klesat, a teda algoritmus bude pokracovat az dojde k nejakemu energetickehmu minumu, avsak napriek tomu v inom smere, kde energia chvilu stupala (a teda algoritmus to vzdal) sa onedlho (po prekonani lokalnej energetickej barieri) mohla energia zacat prudko znizovat, a dostat sa do este nizsieho minima ako v tom druhom smere kde to klesalo "hned". Inymi slovami, napr. ak molekulu hrozne na zaciatku "pokrutim", tak je pravdepodobnejsie, ze algoritmus najde len lokalne minimum a nie globalne. Na ohodnotenie tohto rizika sluzi prave onen parameter RMSD, ktory (aj ked nie 100%tne) pomoze odhadnut ci sa moze jednat o lokalne alebo globalne minimum.
Avsak istota, ze sa jedna o globalne minimum, tu nikdy nie je - staci si uvedomit, ze priemerna biomolekula proteinu sa sklada zo stoviek az tisicov atomov. Mnzostvo roznych kombinacii poloh a energii takejto molekuly je teda z matematickeho hladiska astronomicke...
It is by logic that we prove, but by intuition that we discover. [J.H. Poincaré, mathematician]
A man who knows how to be alone is never lonely. [Osho]

Užívateľov profilový obrázok
miloso
Príspevky: 197
Dátum registrácie: Pi Jún 01, 2007 9:21 pm

Príspevokod užívateľa miloso » St Sep 12, 2007 6:24 pm

dik za vyčerpavajúcu odpoveď. teraz či som to všetko pochopil:

1. rosetta pošle jednému počítaču reťazec a ten nahrubo hľadá globálnu najnižšiu energiu (kedže je to globálne, tak tomuto by sa malo približovať výsledky druhej časti), toto som si odvodil z toho, že teraz moja WU nepočíta RMSD, ešte ma napadlo, že predpoved sa má možno podobať bielkovine vyskytujúcej sa v prírode. čiže rosetta rovno pošle bielkovinu do kroku 2
2. tento tvar sa odošle naspäť rosette a tá ho rozpošle ostatným, ktorí na základe obrovskej náhodnosti jemne hýbu a vyhodnocujú (niektorému PC náhodne podarí nájsť najnižšie stavy) --- snažia sa nájsť najnižšiu energiu, pri najnižšej RMSD (aby sa čo najviac podobala tvaru z prvej časti), to to sa zaznamená do spoločnej tabuľky a vyhodnotí

napr
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/rah_t ... l_plot.png tu má najnižšia energia vysoké RMSD a dve molekuly sa nepodobajú
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/rah_t ... tul_01.png
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/rah_t ... tul_03.png

tu naopak je takmer ideálny stav http://boinc.bakerlab.org/rosetta/rah_t ... 2_plot.png
a takmer identické molekuly
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/rah_t ... b72_01.png
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/rah_t ... b72_03.png
ešte lepší príklad http://boinc.bakerlab.org/rosetta/rah_t ... w_plot.png
Obrázok Obrázok

Užívateľov profilový obrázok
Duro Kotulic Bunta
Príspevky: 1862
Dátum registrácie: St Feb 07, 2007 4:00 pm
Bydlisko: Stupava
Kontaktovať užívateľa:

Príspevokod užívateľa Duro Kotulic Bunta » Po Sep 17, 2007 3:59 pm

Asi ta trochu sklamem ale co sa tyka Rosetty tak ti neviem dat presnu odpoved, a to z jednoducheho dovodu - Rosettu neratam. Nestudoval som teda ani presnu podobu GUI co pouzivaju.

Informacie ktore som napisal som cerpal z toho, ze som pred casom pracoval na pocitacovych simulaciach biomolekul, v podstate som robil nieco velmi podobne tomu co robi Rosetta, takze viem o com su pojmy na ktore si sa pytal a ako sa tieto simulacie riesia, ale podrobnosti z presneho pristupu Rosetty k rieseniu tychto problemov ti neviem povedat...
It is by logic that we prove, but by intuition that we discover. [J.H. Poincaré, mathematician]
A man who knows how to be alone is never lonely. [Osho]

Užívateľov profilový obrázok
miloso
Príspevky: 197
Dátum registrácie: Pi Jún 01, 2007 9:21 pm

Re: Rosetta

Príspevokod užívateľa miloso » Št Mar 12, 2009 10:27 pm

Keď som sa dostal k prekladu opisu 3. práce, zaujalo ma, čo robý RosettaLigand u komerčnej firmy, ktorá nechce zverejniť výsledky odvolavajúca sa na "nejaké" obchodné tajomstvo http://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum ... true#60027 ako to, že to nechcú zverejniť? Sakra, veď to JA robím zadarmo...

Tak som niečo hľadal o tej aplikáci, na našiel som, že nie je jediná, ale je ich viac, čo som už vlastne tušil, len taraz sa mi to potvrdilo.
http://depts.washington.edu/ventures/UW ... osetta.php
navyše farmaceutické spoločnasti platia $70,000 za rok, kam vlastne potom idú tieto peniaze? Je to vôbec prepojené s Rosettou čo mám v booku? trochu ma to znepokojuje...

Nebol to podobný problém s Predictorom?
Obrázok Obrázok

Užívateľov profilový obrázok
Duro Kotulic Bunta
Príspevky: 1862
Dátum registrácie: St Feb 07, 2007 4:00 pm
Bydlisko: Stupava
Kontaktovať užívateľa:

Re: Rosetta

Príspevokod užívateľa Duro Kotulic Bunta » Pi Mar 13, 2009 12:39 am

Pozor, nezamienajme si politiku predictora s tym, co vyzera ze tu popisujes.
To, ze firma nechce zverejnit udaje na tom, na com pracuje, je normalne - ved predsa je to ich business a nemozu prezradit ostatnym na com robia a ake maju vysledky - ved do vyskumu vrazili peniaze o ktore by tym padom prisli. Farmaceuticky business je tvrda dzungla bohuzial.

Aplikaciu, na ktorej David pracuje, vsak chcel/potreboval otestovat aj na realnych molekulach ktore ale nemal k dispozicii ale mali ich niektore farma firmy. Jedna z nich im povolila pristup k jej datam, na ktorych to mohli otestovat, a vyzera to slubne. Nehovoti to nic ine nez to, ze to co Rosetta vyvinula je aplikovatelne na realne molekuly a teda je to slubna cesta. Nie je na tom ziadne zarabanie ani predavanie vysledkov nasej prace.

Co sa tyka toho baliku softveru, ktory spominas ze firmam ponukaju za 70 k$ rocne, je podla vsetkeho engine, cize ALGORITMUS A KOD. Nie vysledky vypoctov, ale algoritmus, ktory team okolo Davida este davnejsie vymyslel (a neustale rozvija), je to ich vytvor, ich napad, ich invencia, ich dusevne vlastnictvo. Okrem ineho zanho dostali (este za pracu pred nastartovanim rosetta@home) prestiznu vedecku cenu za nejkvalitnejsi algorimtus na vypocet predikcie molekul. Cize nie je to v nijakom rozpore s tym, ze vysledky prace ludi sa zverejnuju - ano, zverejnuju sa. Ale predsa softver a algoritmus, ktory vymysleli, mozu ponukat komu chcu za co chcu - a ak si vsimnes, vsetkym vedcom (cize akademickej obci) ho ponuaju zadarmo, komercne ho ponukaju len firmam. Btw, za dusevne vlastictvo je 70 k$/y velmi dobra cena, ked si uvedomime ake prijmy maju farmaceuticke firmy.

Cize z informacii ktore mam, je pripad Rosetty diametralne odlisny od predictora, ktory - narozdiel od rosetty - vobec nezverejnoval vysledky svojich vypoctov/vyskumov (az ked uz bol hotovy produkt tak ho predaval). Rosetta vysledky vypoctov zverejnuje, a dokonca aj softver, ktory sama vymyslela, dava akademickej obci zadarmo, a predava ho iba firmam. Je to uplne koser, a uplne v sulade s dobrymi mravmi.

Opravte/doplnte ma ak mate ine informacie...
It is by logic that we prove, but by intuition that we discover. [J.H. Poincaré, mathematician]
A man who knows how to be alone is never lonely. [Osho]

Užívateľov profilový obrázok
Kiwi
Príspevky: 2056
Dátum registrácie: Ut Feb 13, 2007 5:18 pm
Bydlisko: Sobrance
Kontaktovať užívateľa:

Re: Rosetta

Príspevokod užívateľa Kiwi » Pi Mar 13, 2009 1:20 am

Len neviem pochopit, kde tie vsetky peniaze idu, kde clovek za 35 rokov, nemoze dostat lieky,
ktore by mu nezhorsovali ine ochorenie, ergo mali menej neziaducich ucinkov.
Podstata objavu spočíva vo videní niečoho, čo videli všetci a v premýšľaní o niečom, na čo nikto nepomyslel.
Tachyum Rado Danilák Rottenkiwi

Užívateľov profilový obrázok
miloso
Príspevky: 197
Dátum registrácie: Pi Jún 01, 2007 9:21 pm

Re: Rosetta

Príspevokod užívateľa miloso » Pi Mar 13, 2009 1:24 am

Čo tam David písal som pochopil, aj ma potešilo, že nejaká firma sa predsa len otvorila, a že samotná RosettaLigand má úspech, to je veľmi povzbudivé. A čo čítam tie "abstrakty" tak mám z toho pokoj na duši.

Ale čo sa týka komerčného využitia, jasne že rosettu niekto musel vymyslieť, ale zdokonaľujú ju asi aj vďaka nám (okrem vlastného výskumu), či nie? Čiže to nie je čisto len ich investícia. Nad akademickým využitím som sa ani nepozastavil, šak to by som už vybuchol, ak by ju predávali aj iným BOINC projektom :) alebo ešte horšie, ak by predávali výsledky svojho výskumu, to by pre mňa znamenalo okamžité odpojenie... Mňa zaujala práve ta platená licencia, lebo som sa s platením u rosetty stretol prakticky po prvý krát. No, možno som to aj tušil, len som to nemal čierna na bielom. Vlastne som to ani nehľadal, zariadila to blbá náhoda :) Ja len dúfam, že tie doláče ostavajú v systéme, a ak hej, tak by bolo treba farmaká ešte viac zdierať :D

Mňa hlavne znepokojilo, že farmaká nechcú zverejniť nejaké (aspoň časť) výsledky, ktoré majú asi aj vďaka "mne" a potom aj vďaka "mne" majú zisky. A kde vlastne končia tie doláče, či nie náhodou mimo systému...

Predictora som spomenul len preto, lebo som o ňom počul zlé veci

Inak dik za dodatočné info...

EDIT: Vidím, že im to gabb na fóre natrel :D

EDIT2: a pekne mi to vysvetlili, súmavkovo :) takže už na 100% viem, že sa už v súčastnosti pomocou rosetty (na mojom booku R@H len má vlastný výskum ako aj Alzheimer) vyvýjajú lieky, a to bolo MOJOU PRVORODOU MOTIVÁCIOU ja som si bol vedomý toho, že rosetta sa snaží znížiť náklady výskumu a farmaká budu mať zase len zisk, však to som vravel aj známim, lenže oni to chápali len ako čisté obohacovanie, ja to chápem ako urýchený a nakoniec lacnejší výskum. A práve s týmto mám problém uspieť v mojom okolí...
Obrázok Obrázok

Užívateľov profilový obrázok
gabberattack
Príspevky: 1276
Dátum registrácie: Ut Feb 06, 2007 2:35 am
Bydlisko: Mooresville, NC
Kontaktovať užívateľa:

Re: Rosetta

Príspevokod užívateľa gabberattack » Pi Mar 13, 2009 4:56 am

Ja som na par mesiacov vypadol z diania a chcel som si tiez vysvetlit zopar veci. Nikto nikomu nic nenatrel, len sa vyjasnili otazky, ktore mi boli nejasne - z toho, co pisal sef projektu Baker nebolo 100% jasne o co ide, ibaze by som prehladal desiatky odpovedi na fore, na co nemam cas. Takto to mame vysvetlene pekne pohromade a mozeme v klude pocitat dalej. A doktor Baker by sa mohol zacat vyjadrovat na fore projektu jasnejsie, aby to pochopili viaceri ludia, nielen zopar zasvatenych. Biologii sa rozumiem dost dobre a pritom mi nie je vzdy jasne, co chce Dr. Baker povedat. Rosetta je pre mna srdcova zalezitost, aj ked nemam teraz tolko casu sa jej venovat, no ked som vyberal nas hlavny projekt, stravil som pri tom niekolko dni, cital som vsemozne zdroje predtym, ako som sa rohodol pre nu a presmeroval do nej vacsinu nasho sucasneho vykonu. Keby som zistil, ze sa zmenila na nieco, co predtym nebola, tak by som asi stratil vela z motivacie pre BOINC.
Zavery diskusie na fore:
A. Rosetta predava svoje technologie sukromnym firmam, neprofitove organizacie ich maju zadarmo
B. Nase masiny sa na sukromnom vyskume nepodielaju, len vylepsuju technologie Rosetty. Sukromne firmy maju vlastne vypocetne zdroje na riesenie ich vyskumu, my len vylepsujeme tento system a vyuzivame ho na vlastny vyskum Rosetty, ktory je verejne dostupny (a tym sa mozu k nemu dostat aj farmaceuticke firmy, comu sa ale neda vyhnut - nie za vsetko zle na tomto svete mozu farmaceuticke spolocnosti ;-) ).
C. Sukromna firma poskytuje niekedy zpatnu vazbu vyrobcovi softwaru (Rosette) o kvalite ich produktu a z informacii vyplyva, ze ide o velmi uspesny software. Predpokladam, ze to bude mat obojstranny efekt.
-gabberattack-
Keep The Panic!

...a Windows Vista
padá na Mesiaci
6x pomalšie!


Návrat na "Rosetta@home (RALPH@home)"

Kto je prítomný

Užívatelia prezerajúci toto fórum: Žiadny pripojení užívatelia a 1 neregistrovaný