World Community Grid zakladne info

[Kiwi]

V sucasnosti je mozne zapojit sa to tychto subprojektov v ramci WCG:

Help Cure Muscular Dystrophy
http://www.worldcommunitygrid.org/proje ... md2Main.do

Help Cure Muscular Dystrophy - Phase 2

Info o projekte je dostupné tu: http://www.ihes.fr/~carbone/HCMDproject.htm
Ak máte nejaké otázky, tak navštívte: http://www.worldcommunitygrid.org/forum ... ?forum=420

WCG a vedci ktorých združuje Decryphton, vzniknuvší medzi:
AFM http://portail.afm-france.org/afm-engli ... /index.php
CNRS http://www.cnrs.fr/index.php
UPMC http://www.upmc.fr/en/index.html
a IBM http://www.ibm.com/us/en/
skúmajú interakcie viac než 2200 proteínov so známymi štruktúrami. Podrobnejšie sa skúmajú proteíny, ktoré hrajú významnú rolu pri neuromuskulárnych ochoreniach. Vyprodukovaná databáza informácií pomôže vedcom vytvoriť molekuly, ktoré inhibujú resp. zlepšujú ich väzbovú schopnosť, čo zlepší liečenie muskulárnej dystrofie a tiež iných neuromuskulárnych onemocnení.

Čo je to neuromuskulárne ochorenie a muskulárna dystrofia ?

Neuromuskulárne ochorenie je termín pre skupinu porúch ( cca. 200 ), ktoré zhoršujú činnosť svalov, či už priamo cez patologické ochorenia svalov ( muskulárna dystrofia ) alebo nepriamo, cez patológiu nervov. Ochorenia sú zriedkavé ( postihujú cca. 50 ľudí zo 100 000 ), majú genetický pôvod ( 80 % ) a vyskytujú sa tak u detí ako aj dospelých. Tieto chronické ochorenia vedú k oslabeniu svalov, zapríčiňujúc vážne poškodenie motorických funkcií ( pohyb, dýchanie atď.). Prejavy sú rôzne, niektoré ochorenia sú progresívne, iné sa nezhoršujú ani počas niekoľkých rokov, rovnaké ochorenie môže dokonca spôsobovať u rôznych osôb, rôzne príznaky.

Napriek snahám a pokroku v terapii, nie je zatiaľ možné toto postihnutie vyliečiť resp. zastaviť jeho progresiu.

Influenza Antiviral Drug Search
http://www.worldcommunitygrid.org/proje ... lu1Main.do

Influenza Antiviral Drug Search

Ak chcete položiť nejaké otázky, navštívte: http://www.worldcommunitygrid.org/forum ... ?forum=440
FAQ sú dostupné tu: http://www.worldcommunitygrid.org/research/flu1/faq.do

Poslanie

Cieľom projektu je nájsť nové lieky, ktoré zabránia šíreniu infekcie v tele človeka. Výskum sa týka tých typov chrípkového vírusu, ktoré sa stali rezistentnými, ako aj typov, ktoré zmutovali. Identifikácia chemických zlúčenín, ktoré sú najvhodnejšie na výrobu liečiv, zrýchli vývoj liekov a liečebných metód, ktoré sú vhodné na ovplyvňovanie sezónnych prepuknutí chrípky a tiež potenciálnych epidémií či pandémií.

Význam

Státisíce ľudí ročne zomrie na chrípkovú infekciu. Ak vznikne veľmi virulentný kmeň, ktorý sa medzi ľuďmi ľahko šíri, tak pandémia môže zabiť až milióny ľudí. Chrípkový vírus typu A veľmi rýchlo mutuje a preto vznikajú nové varianty každú sezónu na každej z pologulí. Vakcíny sú preto navrhnuté tak, aby anticipovali variant, ktorý bude prevládať v nasledujúcej chípkovej sezóne. Niekedy sa stane, že sa vytvorí iný kmeň, ako sa predpokladalo a vakcína nemá požadovanú účinnosť. Lieky ako oseltamivir ( com. Tamiflu ) a zanamivir ( com. Relenza ) bránia v širení funkčného vírusu von z infikovanej bunky. Nie sú však účinné voči všetkým typom vírusov chrípky, pretože stále vznikajú aj rezistentné formy vírusov. Ak vznikne nový rezistentný kmeň, výrobcovia vakcín často nestihnú zareagovať. Tento projekt sa snaží hľadať nové druhy liečiv, ktoré zabránia replikácii vírusu v tele, čo pomôže hlavne ľuďom, ktorý nemajú dostatočnú imunitu voči určitým druhom vírusov. Objav širokospektrálnych, ako aj špecifických antivirotík, v globále výrazne zníži chorobnosť.

Koncepcia

Jedným zo spôsobov ako bojovať s týmito vírusmi a zabrániť infekcii, je vývoj molekuly, ktorá inhibuje neuroaminidázu ( N1, N2, atď. ), NS1 proteín, hemaglutinín a potenciálne aj iné ciele, ktoré chrípkový vírus nutne potrebuje na šírenie v tele hostiteľa. Použijúc známe chemické štruktúry cieľových molekúl, sa projekt snaží zistiť, experimentmi virtuálnej chémie, ktoré z miliónov známych zložiek sú schopné naviazať sa na cieľové molekuly takým spôsobom, aby ich inhibovali resp. úplne deaktivovali. To zabráni šíreniu vírusu do ďalších buniek.
Tieto experimenty sú vykonávané programom AutoDock, zo Scripps Reseach Institute. Tento program sa používa aj v ďalších projektoch WCG, napr. FightAIDS@Home, Discovering Dengue Drugs – Together a Help Fight Childhood Cancer. Po nájdení vhodných kandidátov nasledujú laboratórne a klinické testy. To pravdepodobne nepovedie k liečeniu ľudí počas terajšej invázie H1N1. Vírus má však schopnosť vyvolávať opakované sezónne infekcie, ktoré môžu byť ešte nebezpečnejšie. Preto vývoj liečiv na súčasné vírusové kmene, nám dáva potenciálne lepšie východiskové pozície pre boj s možno ešte vážnejšími mutáciami vírusu v blízkej budúcnosti.

Help Fight Childhood Cancer
http://www.worldcommunitygrid.org/proje ... fccMain.do
The Clean Energy Project
http://www.worldcommunitygrid.org/proje ... ep1Main.do
Nutritious Rice for the World
http://www.worldcommunitygrid.org/proje ... iceMain.do
Help Conquer Cancer
http://www.worldcommunitygrid.org/proje ... cc1Main.do
Discovering Dengue Drugs – Together
http://www.worldcommunitygrid.org/proje ... ddtMain.do
Human Proteome Folding - Phase 2
http://www.worldcommunitygrid.org/proje ... esearch.do
FightAIDS@Home
http://www.worldcommunitygrid.org/proje ... esearch.do

[gabberattack]

Chcelo by z toho spravit popis projektu na webe, ja som sa do toho aj pustil, ale zasekol som sa na kope informacii, ktore som mal precitat. A teraz je moj cas velmi osekany....

[Kiwi]

Zozen mi dobreho oftalmologa a algeziologa, a je to tam za 3 az 4 dni.
Zial moja doktorka si s tym nevie poradit, v marci som menil obe skla
a uz potrebujem zase vymenu, pritom max. obmedzujem citanie
a od 18. septembra 2008 so nepisal ani ciarku, ani tu ani na wiki.

[dango]

noooo a prisiel mi zaujimavy mail:

World Community Grid Finishes Phase 1 of Discovering Dengue Drugs - Together

Thank you dango!

World Community Grid is pleased to announce the completion of the first phase of the
"Discovering Dengue Drugs - Together" project. It took only two years to complete,
even though the project was halted for 17 weeks due to the destruction of the
University of Texas Medical Branch research facilities as a result of Hurricane Ike.

In total, members provided nearly 12,000 years of computer processing time to this
project.

Completing this phase of the project is a significant contribution to the research
of not only Dengue Fever but also Hepatitis C, West Nile, Yellow Fever and other
diseases caused by the Flaviviridea family of viruses.

More details about the conclusion of Phase 1 and the upcoming Phase 2 may be viewed
by visiting: http://www.worldcommunitygrid.org/forum ... read=26618


a este par drobnosti dalej.... potesi

[Duro Kotulic Bunta]

Je fajn ze informuju userov o tom co sa spravilo, a co sa chysta dalej.
Zaujala ma nasledovna informacia:

Phase 1 identified several thousand molecules that could interact with each target protein. Typically, ~90-95% of Phase 1 “hits” turn out to be false positives when tested in the laboratory. Thus, Phase 1 hits are very inefficient to pursue with laboratory testing.

“Discovering Dengue Drugs - Phase 2” is designed to reduce the number of Phase 1 false positives. In Phase 2, we will complete ~2000 computationally demanding free energy calculations for each protein target (each calculation uses a promising Phase 1 hit). These calculations will eliminate many of the Phase 1 false positives and produce refined hit lists that are expected to contain ~80% true positives. Testing Phase 2 hits in the laboratory will be much more productive, efficient, and rewarding than testing Phase 1 hits. For example, to find 25 small molecules that stop dengue virus replication in the laboratory, we would need to synthesis and test either 250-500 Phase 1 hits or ~30 Phase 2 hits. We like the improved odds provided by the Phase 2 calculations.


Cize prva (hruba a na experiment nedostatocna) selekcia je hotova (az vyse 90% tychto molekul v skutocnosti je len "falosnym poplachom"), druha faza vyselektuje dalsie molekuly u ktorych by mala byt uz ovela vyssia pravdepodobnost ze aj v skutocnosti by mohli byt v procese liecby efektivne (predpoklad je okolo 80%).

[tahanko]

caute

chcem si pripojit dva compy do wcg ale v zozname projektov je sivym (ze mozno nebudu ulohy pre moj comp) a ani sa neda pripojit - vypise chybu - ze mam pozriet do sprav v managerovi ale tam pise ze stahuje configuration file z wcg a koniec. pritom uz jeden comp mam zapojeny a nie je problem. oba pocitace su intel - x86, win xp takze neviem kde je chyba.
dik za pomoc

[Kiwi]

A neda sa pripojit len k WCG ? Cize ostatne projekty idu ? Aku mas verziu BM ? Nerobi problemy pripojenie ?

[Palo M.]

Nie si za proxacom? Alebo za firewallom, ktory nepusta https?

[tahanko]

Bm v 6.6.36 - momentalne ratam Milkyway, ak zapnem "attach to projekt" vacsina projektov je ciernym - viem sa propojit, sivym - neviem sa pripojit su AQUA, Chess960, Spinhenge, Leiden classical, WCG a GPUGRID.
pripojenie na net je v pohode. som na univerzitnej sieti takze tu je isto nejaky firewall a podobne ale doteraz som takyto problem nemal.

[Duro Kotulic Bunta]

Cital som si podrobnejsie o projekte WCG, teda konkretne ma zaujimal vyskum rakoviny - Help Conquer Cancer.
Zaujamala ma hlavne konkretna napln tohto podprojektu a kvalita vyskumu/pracovisk.

Musim povedat, ze ma to zaujalo a dokonca ma prekvapil sirsi zaber tohto projektu ako len rakovina - konkretne projekt Help Conquer Cancer robi uzitocnu pracu nielen pre vyskum rakoviny, ale potencialne aj pre akekolvek ine biomolekularne vyskumy. Nie je totiz zamerany vlastne na samotny vyskum rakoviny v tom zmysle, ze zistujeme fuknciu a ucinok proteinov (ako to robi napr. Rosetta), ale zameriava sa na zlepsenie automatizovaneho experimentaleho zistovania struktury proteinov. To je velmi uzitocna uloha, ktora je zakladom pre akekolvek neskorsie pocitacove modelovanie, pretoze aby sme mohli pocitacovo modelovat spravanie proteinov, potrebujeme poznat ich presnu strukturu - a ta sa da ziskat prakticky len roentgenovou krystalografiou, ktorej zlepseniu sa prave tento projekt venuje.
Ak sa budu rychlejsie ziskavat struktury proteinov, ohromne to pomoze dalsiemu rozvoju, pretoze sa vedci budu moct vrhnut na modelovanie danych proteinov.
Sam som pouzival databazu proteinov ktoru tento projekt obohati, a teda velmi dobre viem ako relativne MALO proteinov v nej je (len niekolko desattisic, este k tomu zdaleka nie vsetko ludskych), a ako VELMI to limitovalo nase moznosti modelovat realny proces prebiehajuci v ludskom organizme...

Takze ak sa venujete tomuto projektu, ma to velky zmysel.
Nepozeral som ostatne podprojekty, ale tento poznatok hovori aj o tom, ze proces prijimania projektov do WCG je kvalitny, a zalozeny na odbornikoch, ktori zjavne vedia posudit co ma a co nema vyznam pre vedu a pokrok mediciny...

[Duro Kotulic Bunta]

Pozrel som sa podrobnejsie aj na projekt Help Fight Childhood Cancer, prekvapilo ma, ze to robi univerzita v Chibe, ktora je len par kilometrov od Tokyo university, s ktorou som priamo spolupracoval ked som bol v JP (aj ked s tokyo university sme pracovali hlavne na vyskume rakoviny koze). Uroven japonskeho vyskumu je velmi dobra, a podla toho co som si zatial pozrel tak tento projekt nie je vynimkou.
Myslim, ze by si tento projekt jednozcane zasluzil osobitny clanok... ak zostane cas...

[Duro Kotulic Bunta]

Neviete ci sa da definovat vykon medzi jednotlivymi subprojektami v ramci WCG? Mam na mysli to, ze by som chcel ovplyvnit kolko WUs k jednotlivym podprojektom mi budu zasielat, napr. 60% HCC a 40% HFCC.. Da sa to niekde alebo som to prehliadol?
Pretoze takto mi WUs posielaju nahodne (resp. podla ICH preferencii), a nie podla mojho zaujmu o jednotlive podprojekty...

[Palo M.]

To sa neda. BOINC samotny to nepodporuje. Ani v Einsteinovi sa neda nastavit, kolko percent chces dat na klasicky GW search a kolko na ABP search... By som povedal, ze to je dalsi prejav "zastaralosti" BOINCu (popri nezohladnovani situacie s viacerymi jadrami a backup projektoch).
Ono cele WCG, aj ked ma vlastne v sebe samostatne podprojekty, je z hladiska BOINC jeden projekt (len ma vela roznych aplikacii) a teda ide iba nastavit vaha pre cely projekt WCG a v ramci neho niektore aplikacie len zapnut/vypnut.
Nie je to idealne, ale v podstate je to ta ista situacia, ako v Einsteinovi ci CPDN...

[Kiwi]

2 virtual PC, na jedno hodis jeden a na druhe druhy sub. WCG a este mas hlavny stroj na EDges. Prip. PC + 1 virtual.

[Palo M.]

2 virtual PC, na jedno hodis jeden a na druhe druhy sub. WCG a este mas hlavny stroj na EDges. Prip. PC + 1 virtual.

Vyborne. A este prezrad, ako da na jeden subprojekt 60% a na druhy 40% - napriklad. A samozrejme, kde na to zoberie pamat (co zozerie system pre kazdy virtualny stroj). Pripadne este vypocitaj, aku reziu z celeho vykonu zozerie virtualizacia, kolko jeho osobneho casu mu zaberie taketo riesenie (pripadne kolko by ho stali licencie na OS).
Inak mne na desktopovej masine bezia 2 BOINC klienty bez VM, v jednom systeme (GPU je extra - ten bezi pod mojim uid a iba ked som prihlaseny v grafickom prostredi, zatialco CPU bezi stale ako demon pod systemovym uid). Ale tadialto cesta aj tak nevedie... Skratka dostatocne flexibilne priradenie vypoctovych prostriedkov jednotlivym projektom/aplikaciam momentalne nie je podporovane zo strany BOINC platformy. Normalne sa to zadefinovat neda a mikromenezment pre bezne zaneprazdneneho cloveka neprichadza do uvahy.