forum.boinc.sk

Rosetta ma novu aplikaciu 5.85

novinky zahrnaju (volny preklad):
- diagnostiku pre rozdielny typ symetrie ('D2')
- opravu pre modelovanie velkych symetrickych komplexov + mensie naroky na pamat
- novy format vystupu ktory moze byt uzitocny pre navrh novych proteinov
- zopar vacsich vylepseni pre predpovedanie struktury RNA

v originaly tu Rosetta Application Version Release Log

[edit] Pripadne problemy s novou aplikaciou mozete reportovat tu. [/edit]

Bola vydana nova aplikacia pre Linux.

Jedna sa iba o synchronizaciu kodu s aplikaciami pre Windows a Mac. Linux ma teraz verziu 5.86 a ta je kodovo totozna s Win a mac verziami 5.85

Je na tom nieco pravdy, ze posledne aplikacie vyzaduju 800 MB RAM/WU?

marpes napísal:Je na tom nieco pravdy, ze posledne aplikacie vyzaduju 800 MB RAM/WU?

Zatial som nedostal updatnutu verziu Rosetty - akonahle zacne pocitat, dam vediet.

marpes napísal:Je na tom nieco pravdy, ze posledne aplikacie vyzaduju 800 MB RAM/WU?

Šlo jen o pár jednotek, nemusíš mít strach. Není to o aplikaci, ale podle požadavků každé série WU.

Bola uvolnena Rosetta verzia 5.93, ktora riesi "dihedralnu symetriu proteinov". Prelozene pre smrtelnikov: je vylepseny vypocet uhlov medzi dvoma rovinami v molekule - teda priestorovy uhol. Ako pisu na webe Rosetty, je to dolezite pre aplikaciu homooligomerov: bielkovin s rovnakou stavbou a casto aj strukturou, ktore sa odlisuju prave v priestorovom usporiadani atomov.

Bola uvolnena nova aplikacia - tkzv. "minirosetta". Sucasna aplikacia bola uplne prerobena tak, aby ulahcila buduci vyvoj. Jednotky budu postupne uvolnovane pre tuto novu aplikaciu, ktora zatial nema grafiku. Prechod na novu aplikaciu bol nutny z hladiska potiazi vyvoja novych protokolov, ktore boli stazovane uz velmi nafuknutym zdojovym kodom a s tym spojenymi problemami vychytavania chyb.

Opat bola uvolnena nova aplikacia, tentoraz pre obe dostupne verzie softwaru - Rosetta 5.95 a miniRosetta 1.09. Su v nich opat zahrnute rozne updaty a upgrady.

Rosetta má novější miniRosettu a přidané nějaké features. Možná by stálo za to aktualizovat návod na GUI...?

The minirosetta application has been updated to version 1.39. In this version, we added two important applications to minirosetta, docking and protein folding with explicit zinc metal ion. New features have been added to the graphic to show chain colors for a multi-chain protein complex and display metal ions by sphere.

Vcera bola uvolnena nova aplikacia, Minirosetta v1.45

V novej aplikacii by mali byt odstranene viacere problemy: napr. prilis dlhe casy spracovania tzv "relax uloh, problemy s validaciou, problemy s checkpointami, atd... mal by byt odstraneny aj problem s prepinanim medzi aplikaciami, kedy minirosetta veselo ficala dalej

Pripadne problemy a postrehy mozete reportovat v projektovom fore.

Vcera bola uvolnena nova aplikacia Minirosetta v1.47

V aplikacii je opravenych viacero chyb (najvaznejsia chyba sposobujuca zrutenie vypoctu bola sposobena zle inicializovanou premennou).
Pripadne problemy mozete hlasit v diskusnom fore: http://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum ... 4580#57902

Bola uvolnena nova aplikacia Minirosetta v1.54.
Nova aplikacia zahrna mnozstvo oprav roznych chyb, detaly najdete na fore:
Minirosetta v1.54 bug report thread

V pripade ak objavite akekolvek problemy, smelo ich reportujte v spominanom fore.

Padaju vam niektore Min. Rosetty 1.54 na x86_64 Lin. ?

Vsimol som si zaujimavu vec, Rosetta zacala posielat subory vo formate .zip, cim asi zacala reagovat na pretazenie pasma castym stahovanim jednotiek pouzivatelmi. Neviem ako dlho to takto funguje, akurat teraz mi to stiahlo zopar suborov, vsetky zazipovane. Chvalyhodna vec.

NO ja som mal 2 roky obmedzeny net na 2 GB, tak som cely tyzden nemohol nic pocitat,
lebo niektore projekty natahali 1 GB za par dni a do konca mesiaca ostavalo este 25 dni.
Rosetta je jeden z projektov, kde sa toho taha dost.